11月に入ると、同じやりとりが毎年あります。配った封筒が戻ってこない。督促のメールを3回送って、まだ2人分が白紙。給与計算の締めは12月の第1週で、そこから逆算すると残りは2週間しかない。
このとき現場でよく出てくる判断が2つあります。ひとつは「出さない人は確定申告してもらえばいい」。もうひとつは「とりあえず去年と同じ内容で計算しておいて、後で紙をもらう」。
前者は半分合っていますが、会社側の手続きが1つ残ります。そして後者は、やってはいけない部類に入ります。紙が出ていない人を甲欄で計算して年末調整まで通してしまうと、徴収すべき税額を徴収しなかったことになり、立場が会社側に跳ね返ります。
実際に効いているのは、もっと手前の切り分けです。「年末調整の書類」はひとまとまりの提出物ではなく、出ていない紙がどれかで会社の打ち手が3つに分かれます。 1枚欠けただけで年末調整そのものが成り立たない紙と、年末調整は通常どおり行ってその控除だけが落ちる紙があります。この記事は、その線をどこで引くかという話です。
出ていない紙がどれかで、会社の打ち手は3つに分かれる
まず全体像です。年末調整で使う申告書は、国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」が7種類を挙げています。その7枚を、会社の打ち手という観点で並べ直すと次のようになります。
| 出ていない紙 | 年末調整は | 落ちるもの | 会社がやること | | --- | --- | --- | --- | | 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書 | できない | 年末調整そのもの。毎月の源泉徴収も乙欄になる | 提出するよう指導する。出ないまま年を越すなら乙欄・年調未済で処理し、確定申告を案内する | | 基礎控除申告書／配偶者控除等申告書／特定親族特別控除申告書／所得金額調整控除申告書 | する | その控除だけ | 年末調整は通常どおり行う。落ちた控除は本人が確定申告で取る | | 保険料控除申告書／住宅借入金等特別控除申告書 | する | その控除だけ | 同上 |
同じ「出さない社員」でも、1行目に当たる人と2〜3行目に当たる人では、会社の作業がまったく別になります。順に根拠を見ます。
扶養控除等申告書が無い＝年末調整そのものができない
年末調整の根拠は所得税法190条です。その冒頭が、対象者をこう限定しています。
給与所得者の扶養控除等申告書を提出した居住者で、第一号に規定するその年中に支払うべきことが確定した給与等の金額が二千万円以下であるものに対し、その提出の際に経由した給与等の支払者がその年最後に給与等の支払をする場合…
（所得税法190条）
「提出した居住者」が入口の条件になっています。つまり扶養控除等申告書が無い人については、会社に年末調整を行う権限そのものがありません。
国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」も、年末調整の対象とならない人の3番目にこれを置いています。
⑶ 2か所以上から給与の支払を受けている人で、他の給与の支払者に扶養控除等（異動）申告書を提出している人や、年末調整を行うときまでに扶養控除等（異動）申告書を提出していない人（月額表又は日額表の乙欄適用者）
（令和8年分 年末調整のしかた 5ページ）
ここで一緒に押さえておきたいのが、掛け持ちの社員です。 うちには出していなくても他社に出している人は、この⑶の前半に当たります。「本人は出す気がないのではなく、もう他で出している」というケースで、これは督促しても解決しません。うちでは乙欄・年調未済で処理するのが正しい処理になります。
もうひとつ、社員側にありがちな誤解に先に手を打っておきます。「扶養している家族がいないから自分は出さなくていい」という理解です。国税庁の手続案内は、ここを正面から否定しています。
国内において給与の支給を受ける居住者は、源泉控除対象配偶者や扶養親族の有無にかかわらず原則としてこの申告を行わなければなりません。この申告を行わない場合は、月々（日々）の源泉徴収の際に受けることのできる諸控除が受けられず、また年末調整も行われないことになります。
（国税庁 A2-1 給与所得者の扶養控除等の（異動）申告 備考）
扶養家族の有無は関係ない。独身でも出す紙です。社内の案内文に1行入れておくだけで、戻ってこない封筒がかなり減ります。
控除の申告書が無い＝年末調整はする。その控除だけ落ちる
一方、基礎控除申告書や保険料控除申告書が出ていないだけなら、年末調整は行います。落ちるのはその控除だけです。これは190条2号の各号の、かっこ書きの中に書かれています。たとえば生命保険料控除などについては、
…その居住者がその年において提出した給与所得者の保険料控除申告書に記載されたもの（中略）に限る。
（所得税法190条2号ロ）
基礎控除についても同じ形です。
給与所得者の基礎控除申告書に記載されたその居住者の合計所得金額の見積額に応じ、第八十六条（基礎控除）の規定に準じて計算した基礎控除の額に相当する金額
（所得税法190条2号ヘ）
「申告書に記載されたもの」が控除の対象です。紙が無ければ、年末調整の計算の中にその控除は入りません。
ここで実務が一番踏みやすいのは、扶養控除等申告書に書いてあるからいいだろうと考えてしまうところです。 国税庁の手引きが明示的に注意しています。
年末調整において、配偶者控除又は配偶者特別控除の適用を受けるためには、配偶者控除等申告書を給与の支払者に提出する必要があります。したがって、扶養控除等（異動）申告書の「源泉控除対象配偶者」欄への記載の有無にかかわらず、配偶者控除又は配偶者特別控除については、配偶者控除等申告書の提出を受けてください。
（令和8年分 年末調整のしかた 9ページ）
特定親族特別控除についても同じ注が付いています。扶養控除等申告書の「源泉控除対象親族」欄に書いてあっても、特定親族特別控除申告書が出ていなければ拾えません。毎月の源泉徴収で使う欄と、年末調整で控除を確定させる紙は、別物として扱われています。
会社が待てるのは「最初の給与の前日」ではなく「年末調整を行う時まで」
社内の締切を過ぎた社員について、会社がどこまで待てるのか。ここで2つの期限が混ざります。
扶養控除等申告書の法律上の提出期限は、所得税法194条1項で「毎年最初に給与等の支払を受ける日の前日まで」です。つまり1月の給与日の前日。10月や11月に督促している時点で、法律上の期限はとうに過ぎています。
ところが、年末調整の対象になるかどうかの判定はこれとは別の線で動きます。国税庁 No.2665 はこう書いています。
この年末調整の対象となる人は、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を年末調整を行う日までに提出している一定の人です。
（国税庁 No.2665 年末調整の対象となる人）
「年末調整を行う日まで」です。手引きはさらに踏み込んで、遅れた人をどう扱うかまで書いています。
まだ申告書を提出していない人や異動申告をしていない人についても、年末調整を行う時までに申告があれば、その申告に基づいて年末調整を行うことになっていますから、これらの申告を忘れていると思われる人については、早急に申告をするよう指導してください。
（令和8年分 年末調整のしかた 9ページ）
同じ手引きの5ページにも、「1か所から給与の支払を受ける人で、年末調整を行う時までに、その給与の支払者に扶養控除等（異動）申告書を提出していない人については、この申告書を提出するよう指導してください」とあります。
ここから、会社の立ち位置がはっきりします。会社の役割は「待つ」ではなく「指導する」です。 そして締切は、社内の給与計算スケジュールが決める実務上の期限と、年末調整を行う時という法律上の限界の二重になっています。社内案内でこの2つを分けて書くと、督促の説得力が変わります。
※記入例（直す前）
「年末調整の書類は11月14日（金）までに提出してください。期限を過ぎた場合は受け付けられません。」
※記入例（直した後）
「年末調整の書類は11月14日（金）までに提出してください。給与計算の締めがあるため、社内の受付はこの日までです。
なお、扶養控除等（異動）申告書を年末調整の時点で提出していない方は、法律上、会社で年末調整を行うことができません（所得税法190条）。この場合は毎月の源泉徴収も乙欄（高い税額）で計算され、精算はご自身の確定申告になります。扶養しているご家族がいない方も提出が必要です。」
「受け付けられません」だけだと、本人には何が起きるのかが伝わりません。何が起きるかを書くほうが早く戻ってきます。
紙が無いまま甲欄で計算すると、立場が逆になる
ここが一番危ない分岐です。紙が無い社員について、去年と同じ内容で甲欄のまま計算して年末調整まで通してしまう。悪意はなく、親切でやってしまう処理です。
甲欄が使える条件は、所得税法185条1項1号が決めています。
一 給与所得者の扶養控除等申告書を提出した居住者に対し、その提出の際に経由した給与等の支払者が支払う給与等
（中略）別表第二の甲欄に掲げる税額
（所得税法185条1項1号）
そして同項2号が「前号及び次号に掲げる給与等以外の給与等」について乙欄を適用すると定めています。甲欄は申告書の提出が条件です。会社の判断で選べる欄ではありません。
差の大きさを数字で見ておきます。令和8年分の月額表（一）は、甲欄と乙欄の最初の行をこう書いています。
その月の社会保険料等控除後の給与等の金額 105,000円未満
甲 扶養親族等の数0人〜7人以上 … 0（円）
乙 … その月の社会保険料等控除後の給与等の金額の3.063％に相当する金額
（給与所得の源泉徴収税額表（令和8年分）月額表）
社会保険料控除後が10万円の月なら、甲欄は0円、乙欄は3,063円です。パート・アルバイトの層では、この1行だけで扱いが丸ごと変わります。
では、紙が無いのに甲欄で計算して年末調整まで行ってしまうと何が起きるか。所得税法221条1項が、まず会社を名指しします。
第一章から前章まで（源泉徴収）の規定により所得税を徴収して納付すべき者がその所得税を納付しなかつたときは、税務署長は、その所得税をその者から徴収する。
（所得税法221条1項）
徴収されるのは本人ではなく会社です。さらに242条3号は、190条により徴収すべき所得税を徴収しなかった者を、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金の対象として列挙しています。
実務でここまで至ることはまずありませんが、条文の建て方として、紙が無い人を会社が甲欄で処理するリスクは会社側に置かれているということです。親切のつもりで肩代わりすると、肩代わりした分が会社の債務になります。紙が無いなら乙欄で計算して、年調未済で源泉徴収票を出す。これが会社にとって安全な側の処理です。
出てきた紙は税務署に出さない。会社が保管する
無事に回収できたあとの扱いも、意外と間違えられています。扶養控除等申告書は、条文上は税務署長に提出する書類です。194条1項が「当該給与等の支払者を経由して…所轄税務署長に提出しなければならない」と定めています。
しかし198条1項が、この「経由」の意味をこう固定しています。
第百九十四条から第百九十六条まで（給与所得者の源泉徴収に関する申告書）の場合において、これらの規定による申告書がその提出の際に経由すべき給与等の支払者に受理されたときは、その申告書は、その受理された日にこれらの規定に規定する税務署長に提出されたものとみなす。
（所得税法198条1項）
会社が受け取った日に、税務署に提出されたものとみなされます。だから会社が税務署に送る必要はありません。国税庁の手続案内も明記しています。
（注）この申告書は、本来、給与の支払者を経由して税務署長及び市区町村長へ提出することになっていますが、給与の支払者は、税務署長及び市区町村長から特に提出を求められた場合以外は、提出する必要はありません（給与の支払者が保管しておくことになっています。）。
（国税庁 A2-1 提出先・提出方法）
ではいつまで持っておくのか。所得税法施行規則76条の3が、終わりを2つの形で書いています。
…当該申告書（中略）を、これらの規定に規定する税務署長が当該給与等の支払者に対しその提出を求めるまでの間、当該給与等の支払者が保存するものとする。ただし、当該申告書等に係るこれらの規定に規定する提出期限の属する年（中略）の翌年一月十日の翌日から七年を経過する日後においては、この限りでない。
（所得税法施行規則76条の3）
原則は「税務署長が提出を求めるまでの間」。上限が「提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年」です。令和8年分の扶養控除等申告書なら、提出期限は令和8年中なので、令和9年1月11日から7年。起算日が1月10日の翌日になっているのは、源泉所得税の納期限と揃えてあるためです。 保存年限を4月や12月から数えている社内ルールがあれば、ここを直しておいてください。
12月に引き切れない不足額は、翌年1月・2月に繰り延べられる
書類が遅れて回収できた社員では、もうひとつ別の問題が起きます。年の途中まで乙欄で引いていた人が甲欄に戻って年末調整の対象になると、精算額が大きくなります。逆に、扶養の異動を申告していなかった人では不足額が大きく出ます。12月の給与からその全額を引くと、手取りがほとんど残らないという事態が起きます。
ここで使える手続きが1つあります。所得税法192条2項に基づく徴収繰延べです。国税庁はこう案内しています。
年末調整をする月分の給与から不足額を徴収すると、その月の税引手取給与（賞与がある場合には、その税引手取額を含みます。）が、その年1月から年末調整を行った月の前月までの税引手取給与の平均月額の70パーセント未満となるような人については、「年末調整による不足額徴収繰延承認申請書」を作成します。この申請書を、その年最後に給与等の支払を受ける日の前日までに、給与の支払者の所轄税務署長に提出し、その承認を受けて、不足額を翌年1月と2月に繰り延べて徴収することができます。
（国税庁 No.2675 年末調整の過不足額の精算）
読むべき点が3つあります。
ひとつ、判定は税額の大きさではなく手取りの比率です。1月から11月までの税引手取の平均月額に対して、12月の税引手取が70％未満になるかどうかで見ます。
ふたつ、期限が「その年最後に給与等の支払を受ける日の前日まで」です。12月25日払いなら12月24日まで。12月の給与を払ってから気づいても間に合いません。書類の回収が遅れている社員がいる時点で、不足額の見込みを先に出しておく必要があります。
みっつ、繰り延べられるのは不足額だけです。同じ案内が「年末調整をする月分の給与（賞与）に対する通常の税額については、徴収繰延べは認められません」と書いています。12月分の通常の源泉徴収は、繰延べの承認を受けた人についても通常どおり行います。
年調未済になった人の源泉徴収票は、今年分から提出範囲が変わる
最後に、今年だけ特に注意が要る点です。年末調整ができなかった人の源泉徴収票を税務署に出すかどうかの線が、令和8年分から変わります。
長く使われてきた線は、「扶養控除等申告書を提出しなかった方（乙欄または丙欄の適用者）については、その年中の給与等の支払金額が50万円を超えるもの」でした。乙欄の人は50万円超だけ出せばよい、というルールです。
ところが国税庁 No.2511 系の提出範囲の案内（No.7411）は、本文と注で年を切り分けています。
同一人（その年の中途において退職した受給者に限ります。）に対して、その年中の給与等の支払金額が30万円以下である給与等を支払った場合を除くすべての給与等。
（注）令和8年12月31日以前に税務署に提出すべき給与所得の源泉徴収票の提出範囲は次のとおりとなっています。
（国税庁 No.7411 「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲と提出枚数等）
この注の中に、役員150万円超・弁護士等250万円超・その他500万円超・乙欄丙欄50万円超といった従来の線が入っています。つまり従来の線は「令和8年12月31日以前に提出すべきもの」＝令和7年分までの話で、令和8年分の源泉徴収票（提出期限は令和9年1月31日）には使えません。
同じページには、もう1つ変更が書かれています。
なお、令和9年1月1日以後に提出すべき「給与所得の源泉徴収票」については、市区町村に「給与支払報告書」を提出した場合には、税務署に提出したものとみなされます。そのため、税務署提出用の「給与所得の源泉徴収票」を作成し、提出する必要がなくなります。
（国税庁 No.7411／源泉徴収票のみなし提出の特例 特設ページ）
受給者本人への交付義務は変わりません。同ページは「上記の提出範囲に関わらず、また、源泉徴収票のみなし提出の特例により市区町村に給与支払報告書を提出した場合であっても、すべての受給者に対し、その年の翌年の1月31日まで（年の中途で退職した方の場合は、退職の日以後1か月以内）に交付しなければなりません」としています。書類を出さなかった社員にも、源泉徴収票は必ず渡します。 本人の確定申告に必要な紙だからです。
やりがちなNGと、直す順番
1. 紙が無い人を去年の内容で甲欄計算している → 所得税法185条1項1号は甲欄の条件を「申告書を提出した居住者」と定めています。紙が無い人は乙欄。年末調整もしません。ここだけは今日のうちに確認してください。 2. 「社内締切を過ぎたから受け付けない」で止めている → 年末調整の対象になる線は「年末調整を行う時まで」です（No.2665）。手引きは会社に「早急に申告をするよう指導してください」と書いています。給与計算の締めに間に合う限りは受け取ります。 3. 扶養控除等申告書に配偶者を書いてあるので配偶者控除を付けている → 配偶者控除等申告書の提出が必要です（手引き9ページ）。特定親族特別控除も同じ。欄の記載では代わりになりません。 4. 回収した申告書を税務署へ送っている／保存年限を適当に決めている → 送りません（198条1項・A2-1）。保存の上限は提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年（所規76条の3）。 5. 12月給与を払ってから不足額の大きさに気づいている → 徴収繰延べの申請期限は、その年最後の給与支払日の前日です（No.2675）。回収が遅れている社員については、11月中に不足額を試算しておきます。
自分の求人はどこでつまずくか
年末調整で止まるのは、たいてい税法の難しさではありません。「誰がどの紙を、いつまでに、誰に出すのか」と「出さなかったら何が起きるのか」が社員に伝わっていないだけです。言い方を変えただけで戻ってくる封筒が増えるのは、そういうことです。
中途入社した人の年末調整で前職の源泉徴収票が届かないときの扱いは前職の源泉徴収票が来ないときの年末調整、入社時のマイナンバーをいつ集めるかはマイナンバーの収集タイミング、中途入社者の住民税の切り替えは中途入社の住民税・特別徴収への切替で扱っています。
よくある質問（FAQ）
Q. 社内の提出期限を過ぎた社員について、会社が年末調整を断ることはできますか。 A. 社内の受付期限として運用するのは差し支えありませんが、法律上の線とは別です。国税庁 No.2665 は年末調整の対象を「扶養控除等申告書を年末調整を行う日までに提出している一定の人」としており、手引きも「年末調整を行う時までに申告があれば、その申告に基づいて年末調整を行うことになっていますから、これらの申告を忘れていると思われる人については、早急に申告をするよう指導してください」と会社側に求めています。給与計算の締めに間に合う限りは受け取るのが本来の扱いです。間に合わない場合は、年末調整の対象外として処理し、確定申告を案内します。
Q. 扶養控除等申告書を出さない社員に、罰則はありますか。 A. 所得税法194条1項は「提出しなければならない」と義務の形で書いていますが、不提出そのものを処罰する規定は置かれていません（不提出を罰則の対象としている241条は確定申告書等を列挙しており、この申告書は含まれていません）。実際に生じるのは、国税庁の手続案内が書くとおり「月々（日々）の源泉徴収の際に受けることのできる諸控除が受けられず、また年末調整も行われない」という不利益です。一方で、紙が無い人を会社が甲欄で処理した場合は、221条1項により税務署が会社から徴収します。社員側は不利益、会社側は責任という非対称な構造になっています。
Q. 本人が「自分で確定申告するから書類は出さない」と言っています。そのまま乙欄にしてよいですか。 A. 1か所勤務の人については、まず提出するよう指導するのが手引きの求める扱いです（令和8年分 年末調整のしかた 5ページ）。それでも出ないのであれば、乙欄・年調未済で処理し、源泉徴収票を交付して確定申告していただくことになります。ただし掛け持ちで他社に扶養控除等申告書を提出している人は事情が別で、うちでは乙欄・年調未済が正しい処理です。所得税法194条1項は主たる給与等の支払者1か所にのみ提出する建て方になっているため、2か所に出すことはできません。
Q. 保険料控除申告書だけが出てきませんでした。年末調整は止めるべきですか。 A. 止めません。年末調整は行い、その控除だけが落ちます。所得税法190条2号ロが控除の対象を「給与所得者の保険料控除申告書に記載されたもの」に限っているためです。落ちた生命保険料控除や地震保険料控除は、本人が確定申告で取り戻せます。源泉徴収票を交付するときに、その旨を一言添えておくと問い合わせが減ります。
Q. 遅れて出てきた書類で計算したら、12月の手取りがほとんど残らない社員が出ました。分割できますか。 A. 条件を満たせば翌年1月と2月に繰り延べられます。国税庁 No.2675 によれば、12月の税引手取給与が「その年1月から年末調整を行った月の前月までの税引手取給与の平均月額の70パーセント未満」となる人について、「年末調整による不足額徴収繰延承認申請書」を所轄税務署長に提出して承認を受ける手続きがあります（所得税法192条2項）。注意点は期限で、「その年最後に給与等の支払を受ける日の前日まで」です。12月給与を払った後では使えません。また、繰り延べられるのは不足額だけで、12月分の通常の源泉徴収は通常どおり行います。
この記事は、中小企業の採用運用を支援する SaishiLu（運営：株式会社プラスメイト）が作成しています。本文中の条文は e-Gov 法令検索で、手続きは国税庁の手続案内・タックスアンサー・「令和8年分 年末調整のしかた」で確認したものです。個別の事案の当てはめは、所轄の税務署または税理士にご確認ください。