11月、社員が給与担当者のところへ来てこう言います。「保険会社のサイトから控除証明書をダウンロードしました。データでいいですか」。
このとき担当者の頭に浮かぶのは、たいてい「うちの給与ソフトはそのファイルを読めるのか」という問いです。読めそうなら受け取り、読めなさそうなら「紙で持ってきて」と返す。判断の軸がソフトの対応状況になっています。
ここが入れ違っています。会社がそのデータを受け取れるかどうかは、ソフトが読めるかどうかより前の段階で決まっています。所得税法198条2項は、従業員がデータで提供できる場面を、こう限っています。
第百九十四条から第百九十六条までに規定する給与等の支払を受ける居住者は、これらの規定による申告書の提出の際に経由すべき給与等の支払者が電磁的方法（中略）による当該申告書に記載すべき事項（中略）の提供を適正に受けることができる措置を講じていることその他の政令で定める要件を満たす場合には、当該申告書の提出に代えて、当該給与等の支払者に対し、当該記載事項を電磁的方法により提供することができる。
主語は従業員ですが、条件節の主語は給与等の支払者＝会社です。会社が措置を講じていれば従業員はデータで出せる。講じていなければ、従業員の手元にどんなに整ったXMLがあっても、データでは出せません。
そしてもうひとつ。この記事のいちばん伝えたいところですが、証明書だけをデータで受け取ることは、法律上できません。順に開いていきます。
税務署への承認申請は、もう要らない
まず、古い前提をひとつ外します。
以前は、従業員から申告書をデータで受け取る会社は、事前に「源泉徴収に関する申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供の承認申請書」を税務署へ出し、承認を受ける必要がありました。今はありません。国税庁「年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問（FAQ）」（令和8年10月改訂版）の問2-5は、こう書いています。
従来は事前に税務署へ「源泉徴収に関する申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供の承認申請書」を提出し、承認を受ける必要がありましたが、令和3年4月1日以降に従業員からデータで年末調整申告書を受領する場合は、申請が不要となりました。
ここで止まってしまうと、「じゃあ自由に受け取れるのだな」と読めます。同じ答えは、続けてこう書いています。
ただし、従業員から年末調整申告書及び控除証明書等をデータにより提供を受けるためには、電磁的方法による提供を受けるために必要な措置及び電磁的方法により提供する者の氏名を明らかにするために必要な措置が必要となります。
承認申請という「届け出る仕事」が消えた代わりに、「社内に備える仕事」が残っています。税務署に何かを出す必要はないので、やっていなくても外からは見えません。見えないまま受け取ってしまうのが、いちばん危ないところです。
会社が備えるものを、条文の順に開く
政令が挙げる3つ
198条2項が言う「その他の政令で定める要件」は、所得税法施行令319条の2第1項が3つの号で挙げています。
一 法第百九十八条第二項に規定する給与等の支払を受ける居住者（中略）が行う同項に規定する電磁的方法（中略）による同条第二項に規定する記載事項（以下この項において「記載事項」という。）の提供を適正に受けることができる措置を講じていること。
二 法第百九十八条第二項の規定により提供を受けた記載事項について、その提供をした給与等の支払を受ける居住者を特定するための必要な措置を講じていること。
三 法第百九十八条第二項の規定により提供を受けた記載事項について、電子計算機の映像面への表示及び書面への出力をするための必要な措置を講じていること。
1号と2号は想像がつきます。3号が落ちやすいところです。画面に出せるだけでは足りず、紙に出せる状態も保っておくことが要件に入っています。「紙をなくすための電子化」なのに、紙に出せることを求められている。奇妙に見えますが、後で触れる7年の保存とつながっています。
本人だと分かる仕組みは、2つのうちどちらか
「氏名を明らかにするために必要な措置」の中身は、所得税法施行規則76条の2第2項が2つの号で定めています。
一 （中略）給与等の支払を受ける居住者（中略）が記載情報に電子署名を行い、当該電子署名に係る電子証明書を当該記載情報と併せて（中略）給与等の支払者（中略）に送信すること。
二 （中略）給与等の受領者が、給与等の支払者から通知を受けた識別符号（当該給与等の受領者を他の者と区別して識別するための符号をいう。）及び暗証符号を用いて、当該給与等の支払者に記載情報を送信すること。
ここが、中小企業にとっていちばん効く条文です。1号はマイナンバーカードの電子署名を使う道。2号は、会社が社員にIDとパスワードを渡して、それで送らせる道です。マイナンバーカードを全員に持たせる必要はありません。
FAQ問2-9は、この2つを実務の言葉に落としています。受け取り方は4つ。
イ 勤務先にインターネット経由のメール等で送信する
ロ USBメモリ等に保存して勤務先に提供する
ハ （社内LANなどで）勤務先と作成者である従業員のみアクセスが可能な領域に年末調整申告書データを保存する
ニ 社内LANにログインし、メール等で送信する
なお、イまたはロにより提出する場合は、提出データに電子署名を付す又はパスワードを設定する必要があります。
USBメモリで受け取るのも、法令上は立派な「電磁的方法」です（施行規則76条の2第1項2号が「光ディスク、磁気ディスクその他これらに準ずる方法」を挙げています）。ただしメールとUSBの2つは、ファイル自体に電子署名かパスワードが要ります。裸のファイルを添付したメールは、要件を満たしていません。
そして問2-10が、多くの会社の答えになります。
ご質問の「社員ページ」が勤務先から支給されたID・パスワード等でログインし、各従業員に利用されているものであれば、〔問2-9〕の答における「①ニ」及び「②ロ」の方法にそれぞれ該当することとなりますので、「一定の要件」を満たしているということができます。
勤怠や給与明細をWebで見せている会社なら、すでに要件の骨格は揃っています。足りないのは、たいてい「それで受け取ると決めて、社員に伝えること」だけです。
芯：証明書だけをデータで受け取ることはできない
ここが、この記事でいちばん押さえてほしいところです。
社員が持ってきたXMLを、紙の保険料控除申告書に添えて「データの方が正確ですから」と渡してくる場面があります。受け取ってはいけません。所得税法198条5項を読みます。
第百九十六条第一項に規定する給与等の支払を受ける居住者は、第二項の規定により給与所得者の保険料控除申告書に記載すべき事項を電磁的方法により提供する場合には、同条第二項に規定する社会保険料の金額、小規模企業共済等掛金の額、新生命保険料の金額（中略）の支払をした旨を証する書類の同項の規定による提出又は提示に代えて、政令で定めるところにより、（中略）当該書類に記載されるべき事項を電磁的方法により提供することができる。
冒頭の「第二項の規定により（中略）電磁的方法により提供する場合には」が条件です。申告書そのものをデータで出す人だけが、証明書もデータで出せる。申告書が紙なら、証明書のデータ提供の根拠条文が発動しません。
施行令319条の2第2項は、さらに「併せて」を要求します。
（中略）当該書類に記載されるべき事項が記録された電子証明書等を当該申告書に記載すべき事項と併せて提供しなければならない。
国税庁のFAQもそのまま同じことを言っています（問3-15）。
控除証明書等をデータで提供することができるのは、勤務先に年末調整申告書をデータで提供が可能な場合に限られますので、年末調整申告書を書面で提出する場合は、控除証明書等をデータで勤務先に提供することはできません。
この場合は、保険会社等から受領した控除証明書等データを、e-Taxホームページにある「QRコード付証明書等作成システム」を利用して「QRコード付控除証明書」を作成の上、書面で出力し、勤務先に提出又は提示してください。
つまり、会社が措置を講じていない（＝申告書を紙で集めている）年は、社員が手に入れたXMLは全員が例外なくQRコード付控除証明書にして紙で持ってくるしかありません。これは社員にとって、紙のハガキをそのまま持ってくるより手間が増えます。
社内アナウンスの書き方が変わります。
※記入例（紙で集める年）
「保険料控除証明書は紙でご提出ください。保険会社からデータで受け取った方は、e-Taxの『QRコード付証明書等作成システム』でQRコード付控除証明書を作成し、印刷したものをご提出ください。XMLファイルのままではお預かりできません。」
※記入例（データで集める年）
「保険料控除申告書は社員ページからご提出ください（ID・パスワードでログインしたうえで送信してください）。控除証明書データをお持ちの方は、申告書と同時に添付してください。申告書を紙でご提出される方は、証明書データはお預かりできませんので、QRコード付控除証明書を印刷してご提出ください。」
同じ会社の中で「紙の人」と「データの人」が混ざるのは差し支えありません。混ざってよいのは人ごとで、ひとりの人の中で「申告書は紙・証明書はデータ」に割ることはできない、という線です。
紙で出てくる書類は、2種類ある
紙で集めると決めた会社も、添付書類の判定が1つ増えます。所得税法施行令319条は、保険料控除申告書に添える物をこう書いています。
（中略）当該各号に定める事項を証する書類又は当該書類に記載すべき事項を記録した電子証明書等（中略）に係る電磁的記録印刷書面（中略）を当該申告書に添付し、又は当該申告書の提出の際提示しなければならない。
「書類」は保険会社から届く従来のハガキ。「電磁的記録印刷書面」がQRコード付控除証明書です。両方とも正規の添付書類で、どちらでも構いません。
ただし後者には定義があります。施行令262条1項の括弧書きです。
電磁的記録印刷書面（電子証明書等に記録された情報の内容を、国税庁長官の定める方法によつて出力することにより作成した書面をいう。（中略））
「国税庁長官の定める方法」が、先ほどのQRコード付証明書等作成システムです。社員がXMLをブラウザやメモ帳で開いて中身を印刷してきた紙は、これに当たりません。見た目は情報が揃っていても、添付書類としては足りない紙です。受け取る側は、QRコードが刷られているかどうかを見れば判別できます。
なお、ここで出てくる「電子証明書等」の意味も押さえておくと間違えません。施行令262条2項が定義しています。
前項に規定する電子証明書等とは、電磁的記録（中略）でその記録された情報について電子署名（中略）が行われているもの及び当該電子署名に係る電子証明書（中略）をいう。
FAQはこれを、より分かりやすく言い直しています（問1-14の注）。
「一定の要件を満たすもの」とは、控除証明書等の発行者の電子署名及びその電子署名に係る電子証明書が付されたものをいいます。
署名するのは本人ではなく発行者（保険会社等）です。だからこそ、会社はその中身を検算しなくてよいことになっています。FAQ問1-13は、チェック事務が不要になる理由を「何らかの改ざんがある場合には分かるようになっています」と説明しています。
スキャンしたものは、データにならない
発行者の署名が要るという一点から、よくある相談の答えが出ます。FAQ問3-14です。
書面の控除証明書等をスキャンする等によりデータ化したものは勤務先にデータ（原本）として提供することはできません。
控除証明書等データの勤務先への提供とは、法令上、①証明書に記載すべき事項が記録された情報で、②発行者の電子署名及びその電子署名に係る電子証明書が付されたものをデータにより提供することです。
ご質問のケースは、このうち②の要件を満たさないため、勤務先にデータとして提供することはできません。
ここで、よく取り違えられる非対称があります。申告書のスキャンと、証明書のスキャンは、扱いが違います。FAQ問2-15は、申告書についてこう答えています。
ご質問の方法については、法令上はいずれも「電磁的方法により提供する者の氏名を明らかにするために必要な措置」（〔問2-9〕参照）を講ずることで、データによる提供に該当することとなりますが、これらの方法では控除証明書等データを利用した申告書への自動入力ができないほか、勤務先側でも記載内容の確認事務の削減につながらないなどのデメリットがあります。
申告書は、エクセルに入力したものでも手書きをスキャンしたものでも、措置を講じていれば「データによる提供」に当たります。証明書は、スキャンでは当たりません。署名するのが申告書は本人、証明書は発行者だからです。ここを混ぜると、「申告書はPDFでいいなら証明書もPDFでいいだろう」という方向に流れます。
同じ問2-15には、落とし穴がもう1つ書かれています。
なお、国税庁が提供する「年調ソフト」（中略）においては、年末調整申告書のPDFファイルを作成することができますが、年調ソフトでは当該PDFファイルに対し、「電子的方法により提供する者の氏名を明らかにするために必要な措置」を講ずることはできません。あくまで書面印刷して提出するためのファイルです。
年調ソフトのPDFをメールで送ってきた社員がいたら、それは「データ提供」ではありません。印刷して出してもらうか、ソフトが出す申告書データ（XML）を出してもらうかの、どちらかです。
電子にしても、紙が残るもの
「全部データになる」と社員に伝えてしまうと、12月に矛盾が出ます。法令上そもそもデータにできない書類があります。FAQ問1-11です。
ご質問の書類については、法令上、データで提供することはできませんので、書類の内容に応じて年調ソフト等に手入力した上で、従来どおり書面にて提出又は提示していただくこととなります。
対象として挙げられているのは、国外居住親族に係る親族関係書類・送金関係書類、勤労学生に該当する旨の証明書です。扶養の範囲や申告書の書き方そのものは簡易な扶養控除等申告書の記事で整理しています。
ほかに紙が残る場面を並べます。
| 場面 | 根拠 | 扱い | | --- | --- | --- | | 国外居住親族の親族関係書類・送金関係書類、勤労学生の証明書 | FAQ問1-11 | データ不可。書面で提出または提示 | | 住宅ローン控除で居住年が平成30年以前 | FAQ問1-10 | 控除証明書・年末残高等証明書はデータ不可 | | 保険会社が「支払予定額のお知らせ」しか出していない | FAQ問3-16 | 電子化の対象外。金額を手入力 | | 保険会社がデータ交付に対応していない | FAQ問3-11 | 手入力し、その書面を提出または提示 | | 一部だけデータで届いた | FAQ問3-13 | 混在可。データ分はインポート、書面分は手入力 |
住宅ローン控除については、引き切れないときの源泉徴収票の書き方を住宅ローン控除が年末調整で引き切れないときの記事で扱っています。iDeCoの小規模企業共済等掛金払込証明書は、事業主払込にするとそもそも発行されないという別の論点があり、iDeCoプラスの記事で触れました。
団体扱い保険は、会社が証明書データを作る側になる
もう1つ、会社の立場が逆転する場面があります。給与天引きの団体扱い保険です。FAQ問2-17は、会社が自分で証明書データを作る手順を書いています。
① 団体扱い保険支払情報のデータ取得
② 年調ソフト管理者機能へ取り込み、エクスポート
③ 「電子的控除証明書等作成用ソフト」へのインポート、電子署名の付与
④ 従業員への配付
③について、FAQはこう書いています。
支払情報の確認として給与担当者等の電子署名を付与して、控除証明書等データを作成します。
電子署名の種類としては給与担当者のマイナンバーカードなどが利用できます。
団体扱い保険では、発行者の署名を付けるのが保険会社ではなく自社になります。社員全員にマイナンバーカードを求める必要はありませんが、この経路を使うなら給与担当者1人には要ります。団体扱い保険を持っている会社は、ここだけ先に確認しておいてください。
保存は7年。データで持つなら、出せる状態で
最後に、電子化で消えると言われがちな「紙の保管」の話です。
所得税法施行規則76条の3は、申告書の保存をこう定めています。括弧の中が大事です。
（中略）当該申告書（法第百九十八条第二項（中略）の規定の適用により当該給与等の支払者が提供を受けた当該申告書に記載すべき事項を含む。以下この条において「申告書等」という。）を、これらの規定に規定する税務署長が当該給与等の支払者に対しその提出を求めるまでの間、当該給与等の支払者が保存するものとする。
ただし、当該申告書等に係る（中略）提出期限の属する年（中略）の翌年一月十日の翌日から七年を経過する日後においては、この限りでない。
データで受け取ったものも「申告書等」に含まれます。FAQ問2-16も同じです。
データにより提供を受けた年末調整関係書類は、書面によるものと同様、税務署長から提出を求められた場合を除いて、その提出期限の属する年の翌年1月10日から7年間保存する必要があります。
消えるのは紙の束であって、保存義務ではありません。そして7年先に税務署から求められたとき、施行令319条の2第1項3号の「電子計算機の映像面への表示及び書面への出力」が効いてきます。給与システムを乗り替えたらXMLが開けなくなった、という形で崩れる種類の義務です。データで持つと決めるなら、7年分を読み出して紙に出せる手段を一緒に決めるところまでが1セットです。
直す順番
| 順番 | やること | 見るもの | | --- | --- | --- | | 1 | 今年は紙で集めるのかデータで集めるのかを決める | 決めた側で社内アナウンスの文面が変わる | | 2 | データで集めるなら、社員ページのID・パスワードで足りるかを確認 | FAQ問2-10／施行規則76条の2第2項2号 | | 3 | メール・USBで受け取る経路を認めるなら、パスワード必須と伝える | FAQ問2-9の「イまたはロ」 | | 4 | 紙で集めるなら、XMLを持っている社員にQRコード付証明書の作り方を案内 | FAQ問3-15 | | 5 | 紙を受け取るときはQRコードの有無を見る | 施行令262条1項「国税庁長官の定める方法」 | | 6 | 団体扱い保険があるなら、給与担当者の電子署名の手段を確認 | FAQ問2-17 | | 7 | 7年分を読み出して紙に出せる手段を決める | 施行規則76条の3／施行令319条の2第1項3号 |
やりがちな順番違いは、1を飛ばして3から入ることです。「メールで送ってもらえば楽だろう」と先に経路を決めると、パスワードのない添付ファイルが11月中旬に何十通も届いてから気づきます。先に「紙かデータか」を決めて、社員に伝えるのが11月の仕事です。
FAQ問2-3は、初年度は「年末調整の時期のおおむね2か月前には周知していただいたほうがよい」としています。11月に読んでいるなら、今年はいったん紙で通し、来年のために1と2を決めておくのが現実的です。
自分の会社はどこでつまずくか
ここまでの線は、どれも「会社が先に決めて、社員に伝える」形をしています。決めていない状態で11月を迎えると、社員ごとに違う形の書類が集まり、受け取ってよいものと受け取れないものが混ざります。
書類が揃わないこと自体への対処は年末調整の書類を出さない社員への対応で、集めた後に還付が引き切れなくなったときは過納額の還付請求で扱いました。
よくある質問（FAQ）
Q. 税務署への承認申請が不要になったので、社員からXMLを受け取って構いませんか。 A. 申請は令和3年4月1日以降不要です（FAQ問2-5）。ただし、電磁的方法による提供を受けるために必要な措置と、提供する者の氏名を明らかにするために必要な措置の2つは必要です。この2つを講じていないまま受け取ると、要件を満たさない受領になります。社員ページにID・パスワードでログインさせる運用があれば、FAQ問2-10により要件を満たしていると考えられます。
Q. 紙の保険料控除申告書に、証明書のXMLだけ添えて出してきました。受け取れますか。 A. 受け取れません。所得税法198条5項は、証明書のデータ提供を「第二項の規定により（申告書を）電磁的方法により提供する場合には」と条件づけており、施行令319条の2第2項は申告書の記載事項と「併せて提供しなければならない」としています。この場合は、e-Taxの「QRコード付証明書等作成システム」でQRコード付控除証明書を作成して印刷したものを出してもらってください（FAQ問3-15）。
Q. 社員が送ってきたのは、XMLの中身を印刷した紙でした。添付書類になりますか。 A. なりません。施行令262条1項は「電磁的記録印刷書面」を「電子証明書等に記録された情報の内容を、国税庁長官の定める方法によつて出力することにより作成した書面」と定義しています。国税庁長官の定める方法がQRコード付証明書等作成システムです。QRコードが刷られていない紙は、この定義に当たりません。
Q. 社員から電子データで受け取るとき、事前に本人の同意を取る必要はありますか。 A. 受け取る側では不要です。FAQ問2-13は「年末調整関係書類をデータで提供させるに当たって、従業員から事前に承諾等を受けておく必要はありません」としています。ただし同じ答えの（参考）に、「源泉徴収票や給与明細についてデータにより交付する場合は、事前に従業員の承諾を受ける必要があります」と書かれています。受け取るのは同意不要、渡すのは承諾が必要、という向きの違いです。
Q. データで集めれば、7年の保存はしなくてよくなりますか。 A. 保存義務は変わりません。施行規則76条の3は、データで提供を受けた記載事項も「申告書等」に含めて、提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年を経過する日までの保存を求めています（FAQ問2-16も同旨）。加えて施行令319条の2第1項3号が、画面への表示と書面への出力をするための措置を要件としています。消えるのは紙の束で、保存と出力の責任は残ります。
この記事は、中小企業の採用運用を支援する SaishiLu（運営：株式会社プラスメイト）が作成しています。本文の条文は e-Gov 法令検索（所得税法・所得税法施行令・所得税法施行規則）、実務の取扱いは国税庁「年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問（FAQ）」令和8年10月改訂版によります。記載内容は令和8年11月1日時点の公表資料にもとづきます。記入例はすべて自作の例で、実在の会社・社員のものではありません。個別の判断は所轄の税務署または税理士にご確認ください。