11月になると、社員が税務署から届いた封筒を持ってきます。「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」と、その下半分についている控除証明書。会社の仕事は、この紙に書かれた控除額を源泉徴収簿に写して、所得税額から引く——それだけのように見えます。
ところが、引く金額のほうが大きい社員が出てきます。住宅を買った翌年や、年の途中で入社して給与総額が小さい年、育児で時短にした年などです。所得税額が年間で6万円、住宅ローン控除が21万円。引き切れません。
このとき、多くの解説は「引き切れない分は翌年の住民税から控除されます」と1行で片づけます。そこは合っています。ただし住民税側の控除が動き出す入口は、本人の申告ではなく、会社が1月に出す源泉徴収票（給与支払報告書）の中にあります。 年末調整の計算を正しく締めても、源泉徴収票の1つの欄が空欄のままだと、本人の住民税の控除は落ちたままになります。
しかも、その欄に書く金額は、源泉徴収票の別の欄に書く金額とは別の数字です。同じ住宅ローン控除額が、片方の欄では「所得税額が上限」、もう片方の欄では「申告書どおりの満額」になる。この非対称が、引き切れた人だけを見ていると気づけないところです。
この記事では、年末調整で引き切れなかったときに会社がする仕事を、租税特別措置法の条文と国税庁の手引きから順に整理します。
年末調整で引けるのは2年目から（根拠は措置法41条の2の2）
まず制度の形を押さえます。住宅ローン控除そのものは租税特別措置法41条が定める税額控除です。所得から引く所得控除ではなく、計算した税額から直接引きます。ここが引き切れる・引き切れないという話が出てくる理由です。
そして、年末調整で引くための根拠は41条の2の2にあります。
第四十一条第一項に規定する居住の用に供した日（以下この条において「居住日」という。）の属する年分又はその翌年以後八年内（……）のいずれかの年分の所得税につき同条第一項の規定の適用を受けた個人が、当該居住日の属する年の翌年以後九年内（……）の各年に所得税法第百九十条の規定の適用を受ける同条に規定する給与等……の支払を受けるべき場合において、この項の規定の適用を受けようとする旨、その年の同法第二条第一項第三十号の合計所得金額……の見積額その他財務省令で定める事項を記載した申告書をその給与等の支払者を経由して……所轄税務署長に提出したときは、その年のその給与等に対する同法第百九十条の規定の適用については、同条第二号に掲げる税額は、当該税額に相当する金額から第四十一条第一項の規定による控除をされる金額に相当する金額（当該申告書に記載された金額に限るものとし、当該金額が当該税額を超える場合には、当該税額に相当する金額とする。）を控除した金額に相当する金額とする。
（租税特別措置法41条の2の2第1項）
読みにくい条文ですが、会社の実務に効くのは次の3点です。
「翌年以後九年内」＝1年目は年末調整では引けない
条文が年末調整の対象としているのは「居住日の属する年の翌年以後九年内（一定の場合は十二年内）の各年」です。入居した年そのものは入っていません。国税庁の「令和8年分 年末調整のしかた」も、この点を会社向けにはっきり書いています。
住宅借入金等特別控除を受けようとする最初の年分については、確定申告により、控除の適用を受ける必要があります。しかし、その後の年分については、年末調整の際に、各人から提出された「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」……に基づいて控除を行うことができることになっていますから、この控除を受けようとする人に対しては、所要事項を記載した住宅借入金等特別控除申告書を年末調整のときまでに提出するよう指導してください。
（国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」2-4(1)イ）
今年家を買った社員から「年末調整でやってください」と言われたら、断る話ではなく来年2月〜3月の確定申告に回す話です。会社が代わりに手続きすることはできません。
控除額には上限が2つ入っている
条文の括弧書きが上限を2つ重ねています。
- 「当該申告書に記載された金額に限る」 ＝ 会社は申告書に書かれた金額を超えて控除できません。本人が残高証明書を見て計算した金額が過小でも、会社が増やすことはできません。 - 「当該金額が当該税額を超える場合には、当該税額に相当する金額とする」 ＝ 所得税法190条2号の税額（算出所得税額）を超える分は、控除額として立ちません。
つまり、引き切れないときの扱いは通達や手引きではなく、条文の括弧書きそのものに書いてあります。 後述する源泉徴収票の2つの欄が別の数字になる理由も、ここから来ています。
会社は「経由する」だけで、提出はしない
同じ条文の3項に、見落としやすい規定があります。
第一項の場合において、同項に規定する申告書をその提出の際に経由すべき給与等の支払者が受け取つたときは、当該申告書は、その受け取つた日に同項に規定する税務署長に提出されたものとみなす。
（租税特別措置法41条の2の2第3項）
申告書の宛先は税務署長ですが、会社が受け取った日に提出されたとみなされます。だから会社が税務署へ送る必要はありません。年末調整のしかたも「提出を受けた住宅借入金等特別控除申告書は、給与の支払者の下で保管することとされています」と書いています。扶養控除等申告書と同じ、預かって持っておく紙です。
源泉徴収簿での引く順番と、「0」と書く欄
次に、年末調整の計算の中でどこに置かれるかを確認します。令和8年分の源泉徴収簿では、住宅ローン控除は次の位置に入ります。
| 欄 | 内容 | | --- | --- | | 算出所得税額㉓ | 課税給与所得金額に税率を当てた税額 | | 住宅借入金等特別控除額㉔ | 申告書の「特別控除額⑥」欄の金額を転記 | | 年調所得税額㉕ | ㉓から㉔を引いた金額 | | 年調年税額㉖ | ㉕に102.1%を乗じた金額（100円未満切捨て） |
国税庁の手引きは、引き切れないときの書き方をこう指示しています。
「算出所得税額㉓」欄の金額から「住宅借入金等特別控除額㉔」欄の金額を控除し、その求めた金額を「年調所得税額㉕」欄に記入します。この場合、「住宅借入金等特別控除額㉔」欄の金額が「算出所得税額㉓」欄の金額より多いため控除しきれないときは、「年調所得税額㉕」欄に「０」と記入し、控除しきれない部分の金額は切り捨てます。
（国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」3-3(2)）
「切り捨てます」——所得税の中では、ここで終わりです。翌年に繰り越したり、本人が確定申告して取り戻したりする余地はありません。
この並びには、もう1つ実務的な意味があります。住宅ローン控除は復興特別所得税を計算する前に引く位置にあります。㉕が0になれば、102.1%を乗じる対象も0です。社会保険料控除や生命保険料控除をどれだけ積んでも源泉徴収税額が0円にならなかった社員が、住宅ローン控除で一気に0円になるのは、この順番のためです。
ここで会社の仕事が1つ増える——源泉徴収票の2つの欄
年末調整の計算はこれで終わりますが、引き切れなかった人については、1月の源泉徴収票で欄が1つ増えます。 そして、増える欄に書く金額は、すでに書いた欄の金額と違います。
令和8年分の「給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」が、欄ごとの記載すべき事項を定めています。
⑰「住宅借入金等特別控除の額」——実際に控除した額
年末調整の際に「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」に基づいて計算した住宅借入金等特別控除の額を記載してください。
（国税庁「令和8年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」給与7ページ）
そして同じ手引きの注記が、上限を明記しています。
「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」により計算した住宅借入金等特別控除額が算出所得税額を超える場合には、算出所得税額を限度に記載します。
（同・給与7ページ 注）
⑲「住宅借入金等特別控除可能額」——引き切れないときだけ、満額
住宅借入金等特別控除額が算出所得税額を超えるため、年末調整で控除しきれない控除額がある場合は、「住宅借入金等特別控除可能額」を記載してください。
（同・給与7ページ）
年末調整のしかた側も、同じことを転記元つきで指示しています。
住宅借入金等特別控除額が算出所得税額を超えるため、年末調整で控除しきれない控除額がある場合には、「給与所得の源泉徴収票」の「住宅借入金等特別控除可能額」欄に、「住宅借入金等特別控除額㉔」欄の金額を転記してください。
（国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」3-3(2) 注）
2つの欄を並べると、こうなります。
| 欄 | 書く金額 | 引き切れた人 | 引き切れなかった人 | | --- | --- | --- | --- | | ⑰ 住宅借入金等特別控除の額 | 実際に控除した額（算出所得税額が限度） | 申告書の額 | 算出所得税額まで | | ⑲ 住宅借入金等特別控除可能額 | 申告書で計算した控除額の満額 | 記載しない | 申告書の額（㉔の金額） |
引き切れた人は⑲が空欄で正しく、引き切れなかった人だけ⑲が埋まります。 ここが、給与計算ソフトを使っていても確認が要る理由です。両方の欄に同じ数字が入っていたら、どちらかが間違っています。
記入例：算出所得税額より控除額が大きいとき
※ 以下は自作の記入例です。実在の会社・社員のものではありません。
Before（⑲を空欄のまま出した源泉徴収票）
源泉徴収税額：0円
住宅借入金等特別控除の額：68,400円
住宅借入金等特別控除可能額：（空欄）
住宅借入金等特別控除適用数：1
居住開始年月日（1回目）：令和6年3月15日
After（引き切れない分を転記した源泉徴収票）
源泉徴収税額：0円
住宅借入金等特別控除の額：68,400円 ← 算出所得税額が68,400円のため、ここが限度
住宅借入金等特別控除可能額：210,000円 ← 申告書の控除額（源泉徴収簿㉔）をそのまま転記
住宅借入金等特別控除適用数：1
居住開始年月日（1回目）：令和6年3月15日
Before と After で、年末調整の結果（源泉徴収税額0円）は同じです。本人の手取りも同じ。違いが出るのは翌年6月からの住民税です。
書き落とすと、何が落ちるのか
所得税で切り捨てた分は、翌年度の個人住民税で控除できる場合があります。年末調整のしかたも、会社向けの注記でこれに触れています。
所得税の額から控除しきれなかった住宅借入金等特別税額控除額がある場合については、翌年度分の個人住民税から控除できる場合があります（個人住民税における「住宅借入金等特別税額控除制度」。）。詳しい内容については、最寄りの市区町村にお尋ねください。
（国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」2-4(2) 注）
控除される額の考え方は、市区町村の案内が具体的です。京都府南丹市のページは、次の2つのうち小さい金額を所得割から控除すると説明しています。
1. 所得税の住宅ローン控除可能額のうち所得税において控除しきれなかった金額
2. 所得税の課税総所得金額等の額に5%を乗じて得た金額（限度額9.75万円）
（南丹市「住宅借入金等特別税額控除（住宅ローン控除）について」）
※ 乗じる率と限度額は入居した時期によって異なります（市区町村の案内では5〜7%・9.75万〜13.65万円の幅で説明されています）。該当者の金額は市区町村にご確認ください。
ここで問題になるのが、市区町村が何を見てこの計算をするかです。長野県塩尻市は、申告が不要になる条件を欄の名前で示しています。
源泉徴収票に「住宅借入金等特別控除可能額、居住開始年月日」が記載され、「源泉徴収税額」が0円で、「住宅借入金等特別控除可能額」が「住宅借入金等特別控除の額」より大きい場合
（塩尻市「市・県民税の住宅借入金等特別税額控除の申告について」）
市区町村は、会社が1月に出す給与支払報告書（源泉徴収票と同じ内容の紙）の欄を見て判定します。⑲が空欄なら「引き切れた人」として処理されます。 本人が気づいて市区町村に申告すれば救えますが、本人は自分の源泉徴収票の⑲欄が空いていることに気づきません。源泉徴収税額が0円で還付も受けているので、何も起きていないように見えます。
国税庁の手引きは、この欄についてわざわざ市区町村側からの依頼文を載せています。
～市区町村からのお知らせ～ 年末調整の際、控除しきれない住宅借入金等特別控除の金額がある場合には、「給与所得の源泉徴収票」の「住宅借入金等特別控除可能額」欄を記載する必要があります。また、2以上の住宅借入金等特別控除の適用を受ける場合には、その住宅の取得等ごとに、「住宅借入金等特別控除区分」及び「住宅借入金等年末残高」を記載する必要があります。
（国税庁「令和8年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」給与9ページ）
国税庁の手引きに市区町村のお願いが挟まっているのは、ここが現に落ちている欄だということでもあります。
居住開始年月日・区分・年末残高——適用数で書く場所が変わる
源泉徴収票には、住宅ローン控除の内訳欄がもう何本かあります。手引きの指定を整理します。
- 住宅借入金等特別控除適用数 … 年末調整で住宅ローン控除の適用がある場合に、その適用数を記載 - 居住開始年月日（1回目、2回目） … 和暦で記載 - 住宅借入金等特別控除区分（1回目、2回目） … 適用を受けている控除の区分 - 住宅借入金等年末残高（1回目、2回目） … 2以上の適用があるときは、住宅の取得等ごとに記載
書く場所が変わる線が1本あります。
適用数が3以上の場合には、3回目以降の住宅の取得等については、「摘要」欄に「居住開始年月日」、「住宅借入金等特別控除区分」及び「住宅借入金等年末残高」を記載してください。
（同・給与9ページ）
専用欄は2回目までです。3回目以降は摘要欄に手で書きます。中小企業では滅多に出ませんが、2回目の適用（住み替え・増改築）は現実に出てきます。
もう1つ、区分の記載が条件ではなく必須になる場合があります。
さらに、震災特例法第13条の2第1項（住宅の再取得等による住宅借入金等特別控除）に係る控除の適用を受ける場合には、「住宅借入金等特別控除区分」を記載しなければなりません。
（同・給与9ページ）
申告書を受け取る前に、会社だけが見られる2つの事実
ここまでは受け取ったあとの話です。受け取る段階で、会社の側にしか見えない情報が2つあります。どちらも、住宅ローン控除の適用そのものを止める事実です。
1. 合計所得金額の見積額が2,000万円を超えていないか
条文2項は、申告書の提出自体を止めています。
前項に規定する申告書は、同項の給与等の支払者からその年最後に給与等の支払を受ける日の前日までに、財務省令で定めるところにより、第七項の規定により交付された証明書その他の書類を添付して、提出しなければならないものとし、同日においてその者のその年の合計所得金額の見積額が二千万円（……特例居住用家屋の新築等……である場合又は……特例認定住宅等の新築取得等である場合には、千万円）を超えるときは提出することができないものとする。
（租税特別措置法41条の2の2第2項）
「控除を受けられない」ではなく「提出することができない」という書き方です。そして金額の線は2,000万円だけではありません。括弧の中に1,000万円があります。床面積40平方メートル以上50平方メートル未満の特例居住用家屋などに当たる人は、1,000万円が線になります。
この見積額は、会社がすでに持っています。年末調整で同時に回収する「給与所得者の基礎控除申告書」に、本人の合計所得金額の見積額が書かれているからです。住宅ローン控除の申告書だけを単独で処理すると、このクロスチェックが抜けます。
年末調整のしかたも、注意事項として同じ線を挙げています。
令和4年1月1日以後に居住の用に供した場合において、令和8年分の合計所得金額が2,000万円を超える人は、本年分の住宅借入金等特別控除は受けられませんので、特に、給与所得以外の所得がある人についてはご注意ください。
（国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」2-4(2) 注意事項2）
「給与所得以外の所得がある人」という但し書きが付いているのは、給与だけなら会社の計算で分かるのに対し、不動産所得や副業の所得は申告書の見積額を信じるしかないからです。
2. 12月31日まで引き続き住んでいるか
同じ注意事項の1つ目です。
その家屋に入居後、本年12月31日まで引き続き居住の用に供していない場合には、この制度の適用を受けることはできません。
（同・注意事項1）
年の途中で転勤・単身赴任・引越しをした社員は、ここで外れる可能性があります。そして人事異動を決めているのは会社です。 11月に申告書を受け取り、12月に転勤の内示を出す——という順番だと、年末調整の時点では分かっていた話になります。
なお、やむを得ない事由でいったん住まなくなった後に再び住み始めて控除の適用を受ける最初の年分も、1年目と同じく確定申告が必要です（年末調整のしかた 2-4(1)イ 注）。再入居の年は年末調整では引けません。
提出期限は「最後に給与を支払う日の前日」まで
条文2項が定める提出期限は、「その年最後に給与等の支払を受ける日の前日まで」です。12月25日が最後の給与日なら、24日までに受け取る形になります。年末調整の計算に間に合えばよい、という運用とほぼ重なりますが、条文の線は給与日ではなく前日です。
添付する書類は方式で変わる
| 方式 | 添付するもの | | --- | --- | | 調書方式 | 税務署長が発行した「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」（控除証明書）のみ | | 証明書方式 | 控除証明書 ＋ 金融機関等が発行した「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」 |
調書方式は、金融機関等が税務署に年末残高調書を出し、国税当局から本人に年末残高情報が提供される方式です。年末調整のしかたは、この場合「借換えがある場合などの一定の場合を除き」、控除証明書や申告書の控除額欄に年末残高情報や控除額（見込額）が記載されていると説明しています。逆に、記載されていないときは本人が返済計画表等で実際の残高を確認して計算することになります。対応している金融機関等は国税庁「住宅ローン控除の適用に係る手続（年末残高調書を用いた方式）について」で確認できます。
紙が届く時期と、紛失したとき
| | 調書方式 | 証明書方式 | | --- | --- | --- | | 書面交付 | 入居2年目の11月下旬頃に、控除を受ける各年分を一括送付 | 入居2年目の10月下旬頃に一括送付 | | 電子交付（確定申告でe-Tax交付を希望した場合） | 毎年11月中旬頃にe-Taxメッセージボックスへ格納 | 毎年10月頃にe-Taxメッセージボックスへ格納 |
「一括送付」なので、2年目に届いた束を社員が自分で管理しています。無くす人が出ます。そのときの窓口は会社ではありません。
税務署から送付された住宅借入金等特別控除申告書や控除証明書をこの控除の適用を受けようとする人が紛失したときなどには、本人から税務署にこれらの書類の再交付を申請するよう指導してください。
（国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」2-4(1)ロ 注4）
会社が代理で再交付を受ける手続きではないため、11月の早い段階で「束が揃っているか」を本人に確認させておくと、12月の締めに間に合います。
「平成38年分」と書かれた用紙は直さなくてよい
一括送付された束には、元号が改まる前に作られた用紙が混ざっています。
従業員から提出された「平成38年分 給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」の「平成38年分」部分については、補正をしていただく必要はありません。
（同・2-4(1)ハ 注）
令和8年＝平成38年です。本人に書き直させる必要はありません。
やりがちなNG
- 引き切れた人と引き切れなかった人を同じ処理で流す。 ⑲「住宅借入金等特別控除可能額」欄は、引き切れなかった人だけ埋める欄です。全員一律に埋める運用も、全員空欄の運用も、どちらも誤りになります。 - 源泉徴収税額が0円になった時点で確認を終える。 本人の所得税はそこで終わりますが、住民税の控除はまだ入口にも立っていません。0円になった人こそ⑲を確認する対象です。 - 住宅ローン控除の申告書だけを単独で処理する。 合計所得金額の見積額（基礎控除申告書）と、年内の住所異動（人事情報）を突き合わせる工程が抜けます。 - 今年入居した社員の分を年末調整で処理しようとする。 1年目は確定申告です。11月の時点で本人に伝えておくと、2月の問い合わせが減ります。 - 申告書を税務署に送ってしまう。 会社が受け取った日に提出されたものとみなされます。送るのではなく保管します。
直す順番
1. 年末調整の計算が終わった段階で、源泉徴収簿の「年調所得税額㉕」が0の人を抽出する（住宅ローン控除で0になった人がここに出ます）。 2. その人の㉔欄の金額を、源泉徴収票の⑲「住宅借入金等特別控除可能額」へ転記する。 3. ⑰「住宅借入金等特別控除の額」が算出所得税額㉓の金額になっているかを確認する（㉔の金額が入っていたら直す）。 4. 居住開始年月日が和暦で入っているか、適用数が3以上の人の分が摘要欄に回っているかを見る。 5. 1月の給与支払報告書を、この状態で市区町村へ提出する。
給与計算ソフトを使っている場合は、2と3が自動で入る製品が多いものの、手入力の項目として残っている製品もあります。1件でも該当者がいる年に、一度だけ目で確かめておくと翌年以降は安心できます。
自分の求人はどこでつまずくか
ここまでは、採ったあとの給与事務の話でした。家を買って長く働いてくれる社員がいる会社は、それ自体が1つの実績です。一方で、「同じ求人を出し続けているのに応募が来ない」「来ても面接までつながらない」という手前の詰まりは、年末調整の件数とは別の問題として残り続けます。
よくある質問（FAQ）
Q. 引き切れなかった分は、本人が確定申告すれば所得税で戻りますか。 A. 戻りません。国税庁の手引きは「控除しきれない部分の金額は切り捨てます」と書いています。所得税の中では、その年で終わりです。切り捨てた分は翌年度の個人住民税の「住宅借入金等特別税額控除制度」で控除できる場合があり、その入口が源泉徴収票（給与支払報告書）の「住宅借入金等特別控除可能額」欄です。
Q. 「住宅借入金等特別控除の額」欄と「住宅借入金等特別控除可能額」欄に、同じ金額を書いてよいですか。 A. 引き切れた人は⑲欄を記載せず、⑰欄だけに申告書の金額を書きます。引き切れなかった人は、⑰欄に算出所得税額を限度とした金額、⑲欄に申告書で計算した控除額の満額を書きます。どちらの場合も2つの欄が同じ金額になることはありません。
Q. 会社が⑲欄を書き忘れたことに、翌年気づきました。どうすればよいですか。 A. 市区町村は給与支払報告書の記載で判定するため、まず提出先の市区町村にご相談ください。市区町村によっては本人からの申告（市民税・県民税の住宅借入金等特別税額控除申告書など）を受け付けている場合があります。扱いは市区町村ごとに異なるため、該当する市区町村の案内に従ってください。
Q. 住宅ローン控除の申告書を、社員が12月の給与日に持ってきました。間に合いますか。 A. 条文上の期限は「その年最後に給与等の支払を受ける日の前日まで」です。最後の給与日当日に提出されたものは期限を過ぎています。この場合は本人が確定申告で控除を受けることになります。11月のうちに、控除証明書と残高証明書（証明書方式の場合）が揃っているかを本人に確認させておくのが実務的です。
Q. 今年家を買った社員から「年末調整でやってほしい」と言われました。 A. 最初の年分は確定申告が必要です。会社が年末調整で控除することはできません。翌年の10月〜11月に税務署から控除証明書つきの申告書が一括で届き、そこから年末調整での処理が始まります。やむを得ない事由で住まなくなった後に再び住み始めた場合の、適用を受ける最初の年分も同じ扱いです。
Q. 社員が11月に家族で引っ越し、12月は賃貸に住んでいます。住宅ローン控除は適用できますか。 A. 手引きは「その家屋に入居後、本年12月31日まで引き続き居住の用に供していない場合には、この制度の適用を受けることはできません」としています（死亡の場合の例外があります）。年内に転居した社員については、申告書を受け取る前に居住の状況を確認してください。災害で居住できなくなった場合には、残りの適用期間について適用を続けられる特例があります。
この記事は、中小企業の採用運用を支援する SaishiLu（運営：株式会社プラスメイト）が作成しています。本文の条文は e-Gov 法令検索、実務の取扱いは国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」および「令和8年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」、個人住民税の扱いは南丹市・塩尻市の案内によります。記載内容は令和8年11月1日時点の公表資料にもとづきます。記入例はすべて自作の例で、実在の会社・社員のものではありません。個別の判断は所轄の税務署、個人住民税については市区町村または税理士にご確認ください。