拠点がいくつかある会社で1年単位の変形労働時間制を使っていると、毎年同じ時期に同じ作業が回ってきます。支店ごとに協定を結び、支店ごとに年間カレンダーを作り、支店ごとの監督署に出す。5拠点あれば5回です。年度末の忙しい時期に、総務の担当者が1人で全部抱えている会社も珍しくありません。
ここで、「36協定は本社でまとめて出せた。だから変形も同じだろう」と考えて、支店分の協定届を束ねて本社の監督署に持っていくと、止まります。1年単位の変形労働時間制に関する協定届の本社一括届出は、電子申請で出したときだけ使える仕組みです。通達の本文に、わざわざ括弧書きでそう書いてあります。36協定届と就業規則（変更）届は紙でも一括できるので、ここだけ扱いが違う。
そして、電子申請の画面まで進んだ人がそこから引き返すことになる原因は、ほとんどがカレンダーです。「対象期間も有効期間も本社と揃えた。なのに一括にできない」。この記事は、その手前で何を確かめておけばいいのかを、令和7年3月28日付け基発0328第7号の原文と、厚生労働省のリーフレットから順に整理したものです。社労士に頼んでいる会社でも、カレンダーを作るのは自社です。そこだけは誰にも代わってもらえません。
そもそも、この協定届はどこに出すものか
1年単位の変形労働時間制は、労働基準法32条の4の協定で動きます。協定で定めるのは、対象になる労働者の範囲（1号）、対象期間（2号・1か月を超え1年以内）、特に業務が繁忙な特定期間（3号）、対象期間における労働日と労働日ごとの労働時間（4号）、そして厚生労働省令で定める事項（5号）です。この5号が、労働基準法施行規則12条の4第1項で「有効期間の定め」とされています。
届出の根拠は少し回り道をしていて、法32条の4第4項が法32条の2第2項を準用し、則12条の4第6項が受けています。原文はこうです。
法第三十二条の四第四項において準用する法第三十二条の二第二項の規定による届出は、様式第四号により、所轄労働基準監督署長にしなければならない。
ここで押さえておきたいのは、「所轄」労働基準監督署長という言葉です。原則は、その事業場の所在地を管轄する署。本社がまとめる仕組みは、この原則に対する例外として通達で認められているものです。
そしてもうひとつ大事なのが、一括届出は「出し先」をまとめる制度であって、「協定」をまとめる制度ではないということ。協定そのものは、今までどおり事業場ごとに、その事業場の過半数労働組合または過半数代表者と結びます。ここを取り違えて「本社で1本結べばいい」と考えると、協定自体が無効になりかねません。過半数代表者の選び方は事業場ごとに手続きが必要なので、過半数代表者の選び方も合わせて確認しておくと安全です。
一括にできるのは電子申請だけ
通達の本文には、こう書かれています。
本社の使用者から、本社及び当該企業の本社以外の事業場に係る協定について一括して届出が行われた場合（電子申請により届出が行われた場合に限る。）
この括弧書きが、紙のルートを閉じています。36協定届と就業規則（変更）届には、紙でも一括できる条件がそれぞれ通達で用意されていますが、1年単位の変形労働時間制にはそれがありません。つまり、支店分を印刷して本社の署に持っていっても、支店分は受け付けてもらえないということです。繁忙期に全部作り直すことになるので、ここは最初に確かめておくところです。
紙でも一括できる2つのほうの条件は、それぞれ別記事にまとめています。36協定の本社一括届出の条件と、就業規則の本社一括届出と意見書です。同じ「本社一括」という言葉でも、手続きごとに条件が違うので、1つの記事の記憶で別の手続きを進めないほうがいいです。
電子申請のルートは2つあります。
1. e-Gov電子申請から「一年単位の変形労働時間制に関する協定届（本社一括）」を選んで出す 2. 労働条件ポータルサイト「確かめよう労働条件」の電子申請様式作成支援ツールから出す
2のポータル経由は、令和7年3月28日付けの通達で新しく入ったルートです。ツールのページには、対応している届出として「〇１年単位の変形労働時間制に関する協定届」が挙がっています。ログインには「GビズID若しくはスタートアップ労働条件のアカウント」が必要で、e-Govの電子証明書で詰まった会社にはこちらのほうが現実的なことがあります。
このあと見ていきますが、2つのルートは「できること」が違います。本社と内容が違う支店を抱えている会社は、ポータル経由のほうを読んでください。
「内容が同一」とは、どの13項目が同一なのか
通達1(1)アは、「協定の内容が同一である」の意味を、協定届の記載項目のうち次のものが全て同一であることと定めています。原文の記号（ア）〜（ス）のまま並べると13項目です。
| 記号 | 同一でなければならない項目 | | --- | --- | | (ア) | 対象期間及び特定期間（起算日） | | (イ) | 対象期間中の各日及び各週の労働時間並びに所定休日 | | (ウ) | 対象期間中の1週間の平均労働時間数 | | (エ) | 協定の有効期間 | | (オ) | 労働時間が最も長い日の労働時間数（満18歳未満の者） | | (カ) | 労働時間が最も長い週の労働時間数（満18歳未満の者） | | (キ) | 対象期間中の総労働日数 | | (ク) | 労働時間が48時間を超える週の最長連続週数 | | (ケ) | 対象期間中の最も長い連続労働日数 | | (コ) | 対象期間中の労働時間が48時間を超える週数 | | (サ) | 特定期間中の最も長い連続労働日数 | | (シ) | 使用者の職名及び氏名 | | (ス) | 旧協定の内容 |
見落としやすいのが下の3つです。
(シ) 使用者の職名及び氏名が同一ということは、支店長名で協定届を作っている会社は、そのままでは一括の条件を満たしません。協定の締結を支店長が行っているのであれば、届出の記載も揃えるのか、揃えられないのかを先に決めておく必要があります。
(ス) 旧協定の内容も同一である必要があります。今年の協定を全拠点で揃えても、去年の協定が拠点ごとに違っていれば、その年は一括にできないということです。支店だけ別のカレンダーで走っていた会社が本社に合わせようとすると、最初の1年はここで引っかかります。
(オ)(カ) 満18歳未満の者の欄は、該当者がいなければ空欄になりますが、「どこかの拠点に高校生アルバイトがいて数字が入り、他は空欄」という状態だと同一になりません。学生を使っている拠点がある会社は、ここを事前に突き合わせてください。
事業場ごとに違っていてよい項目
逆に、拠点ごとに違っていて当然の項目は、一括届出事業場一覧（Excelツールで作るファイル）のほうに入れます。厚生労働省のリーフレットが挙げているのは次の項目です。
| 事業場ごとに違ってよい項目 | | --- | | 事業の種類 | | 事業の名称 | | 事業の所在地 | | 常時使用する労働者数 | | 所轄労働基準監督署 | | 該当労働者数（満18歳未満の者） | | 管轄労働局 | | 協定当事者 | | 協定成立年月日 | | 対象期間及び特定期間（起算日） |
この振り分けは、そのまま入力画面の振り分けになっています。リーフレットの申請手順（ステップ4）は「届出記載事項のうち各事業場で同内容でなければいけない項目はe-Gov上の入力フォーマットに、各事業場で内容が異なってよい項目は『一括届出事業場一覧作成ツール』にそれぞれ入力してください」としています。つまり、上の13項目の表はe-Govの画面に打つもの、こちらの表はExcelに打つもの、と読み替えられます。
「協定当事者」と「協定成立年月日」が違ってよい側にあるのは、協定が事業場ごとに結ばれる以上当然です。一方で(シ)の「使用者の職名及び氏名」は同一側にある——この非対称は、条文ではなく通達とリーフレットを突き合わせないと見えません。
Excelツールには入力形式の制約もあります。リーフレットの表では、郵便番号は全角数字で「ＸＸＸ－ＸＸＸＸ」、電話番号は半角数字で「xxxxx-xxxx-xxxx」、事業の種類はリスト選択、といった指定と、項目ごとの入力可能文字数（事業の名称80、事業の所在地65など）が決められています。「事業の種類」で「その他の事業」を選んだ場合は追記が必須入力になります。長い事業所名を持っている会社は、ここで字数に当たることがあります。
つまずくのはカレンダー。判定は「支店のカレンダーが本社の中にあるか」
いちばん止まるのがここです。通達1(1)イは、(イ)の「対象期間中の各日及び各週の労働時間並びに所定休日」に係る別紙を「カレンダー」と呼び、本社の協定届に添付されたカレンダーと、本社以外の事業場の協定届に添付されたカレンダーの内容が同一であることを求めています。
ただし「同一」の意味が、素直に読むのとは少し違います。リーフレットの説明がはっきり書いています。
「内容が本社と支社で同一」とは支社において本社で使用しているカレンダーと同一のものをカレンダーとして使用しているという意味であり、カレンダーの数まで本社と支社で同一でなければいけない訳ではありません。
つまり判定は、支店が使っているカレンダーが、本社が使っているカレンダーの中に入っているかどうかです。数は揃っていなくてかまいません。リーフレットが挙げている例で見ると分かりやすいので、記入例として並べます。
記入例：本社が5種類のカレンダーを使っている会社
※記入例（本社でA・B・C・D・Eの5パターンのカレンダーを使っているケース）
本社：A／B／C／D／E
支社①：A／B／E → 一括できる（本社のカレンダーの一部だけを使っている）
支社②：A／B／C／D／E → 一括できる（本社と全く同一）
支社③：A／B／C／D／E／F → 一括できない（本社で使っていないFが混じっている）
リーフレットの言葉では、支社③は「本社で使用しているカレンダーと同じカレンダーを全て使用していても、本社で使用していない（本社の労働者に対象がいない）カレンダーを、支社分のカレンダーとして添付した場合は、本社一括届出の要件を満たしていない」とされています。
本社より少ないのは問題ない
ここを誤解して、わざわざ本社に合わせてカレンダーを増やそうとする会社があります。必要ありません。支店が1種類しか使っていなくても、それが本社のどれかと同じであれば条件を満たします。
1枚だけ違うと、その届出全体が通らない
逆に、支社③のように「本社に無いカレンダーが1枚」混じっているだけで、一括の要件を外れます。10拠点のうち9拠点が揃っていても、1拠点のためにルートを選び直すことになる。だから、人数や所在地より前に、全拠点のカレンダーを並べて突き合わせるのが先です。
届出カレンダー一覧表（様式は任意）
本社のカレンダーが複数種類ある場合は、支店のカレンダーが本社のどれに対応しているかを判別できる一覧表を添付します。通達の別添では「様式は任意」とされていて、形は次のような○表です。
※記入例（届出カレンダー一覧表・様式は任意）
| | カレンダー1 | カレンダー2 | カレンダー3 | カレンダー4 | カレンダー5 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| A支店 | ○ | ○ | ○ | | |
| B支店 | ○ | | | | |
| C支店 | ○ | ○ | | | |
| D支店 | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ |
縦に支店、横に本社のカレンダーの種類を並べて、どれを使っているかに○を付けるだけです。様式が決まっていないので、Excelで作ってPDFにしても、Excelのまま添付してもかまいません。本社のカレンダーが1種類しかない会社は、この一覧表は不要です。
添付するファイルは、リーフレットのステップ5にまとまっています。①一括届出事業場一覧作成ツールで作ったファイル、②届出カレンダー一覧表、③カレンダー（対象期間中の各日及び各週の労働時間並びに所定休日についての別紙）の3つです。
本社と内容が違う支店はどうするか
ここが、ネット上の解説でいちばん抜けているところです。e-Govのルートは、通達1(1)のとおり「本社の協定と協定の内容が同一であること」が条件です。本社が事務所だけで、支店が工場や店舗——というよくある構成だと、本社のカレンダーと支店のカレンダーが同じになるはずがありません。e-Govだけを見ていると、ここで「うちは一括できない」という結論になります。
ところが、ポータルサイト経由のルートは建て方が違います。通達2は、ツールにより「次の事業場を組み合わせて一括して届出を行うことができる」として、2つの束を並べています。
(1) 本社及び協定の内容が本社と同一である事業場 e-Govと同じ考え方の束です。一括届出事業場一覧はツールが自動で作って添付し、本社の所轄署あてに送られます。
(2) 協定の内容が本社とは異なる事業場 こちらが新しい部分です。①として「協定の内容が同一である複数の事業場の場合」が置かれ、当該複数の事業場の中から任意に選択した代表事業場のカレンダーと、それ以外の事業場のカレンダーの内容が同一であればよい、とされています。一括届出事業場一覧はツールが自動で作り、代表事業場の所轄署あてに送られます。代表事業場のカレンダーが複数種類ある場合の扱いも、本社のときと同じで、届出カレンダー一覧表を添付します。②として「単独の事業場の場合」も置かれていて、こちらはツールからその事業場の所轄署あてに送られます。
言い換えると、ポータル経由では「本社」である必要がありません。工場3拠点が同じカレンダーで動いているなら、その3拠点の中から1つを代表に選んで束ねられる。通達は「次の事業場のいずれかのみの届出を行うこともできること」とも書いているので、本社の束と工場の束を別々に送ることもできます。
拠点の性格が割れている中小企業——本社は事務、現場は交替制や季節変動あり——にとっては、この代表事業場の考え方のほうが実態に合います。e-Govの条件だけ見て諦めていた会社は、ここを確認する価値があります。
使うツールを間違えると、そもそも通らない
一括届出事業場一覧作成ツールは、厚生労働省の電子申請のページからダウンロードします。ここで注意が必要なのは、ツールが1種類ではないことです。同ページに掲載されているのは3つです。
- 【時間外・休日労働協定、就業規則 共通（本社一括）】一括届出事業場一覧作成ツール - 【変形制等協定届（本社一括届出）】一括届出事業場一覧作成ツール - 【企画・専門型裁量労働制（本社一括届出）】一括届出事業場一覧作成ツール
1年単位の変形労働時間制で使うのは真ん中の「変形制等協定届」用です。36協定で使ったツールを流用することはできません。ページにも「必ず、申請を行おうとしている手続に対応した一括届出事業場一覧作成ツールを利用してください」と注意書きがあります。令和6年2月23日から1か月単位の変形労働時間制に関する協定届等も一括届出の対象になったことに伴い、従来の1年単位分を含めて「変形制等協定届」のツールにまとめられた、という経緯です。
もうひとつ、手元にあるファイルを使い回している会社に関係する話があります。同ページには、本社一括届出事業場一覧作成ツールの電子証明書を更新したため、令和8年9月5日以降、過去に公開されていたツールは利用できなくなる旨の案内が出ています。去年ダウンロードしたExcelをそのまま開いて作業していると、提出の段で止まる可能性があります。年に1回しか触らない書類なので、作業を始める前にツールを落とし直すのを手順に入れておくのが無難です。なお、過去に作成したCSVファイル自体は従来どおり読み込めるとされています。
出す前の段取り（この順番で）
カレンダーの判定が最初に来るのがポイントです。人数や所在地から埋め始めると、最後にカレンダーで引き返すことになります。
1. 全拠点のカレンダーを机に並べる。 何種類あるか、支店のものが本社（または代表にしたい事業場）のどれかと同じかを確認する。 2. ルートを決める。 本社と全拠点が揃うならe-Govでもポータルでも可。揃わない束があるならポータル経由で代表事業場を立てる。紙は使えない。 3. 13項目を突き合わせる。 特に「使用者の職名及び氏名」「旧協定の内容」「満18歳未満の者」の3か所。 4. ツールを落とし直す。 「変形制等協定届（本社一括届出）」用。古いファイルを使わない。 5. 一括届出事業場一覧を作る。 事業の名称・所在地・常時使用する労働者数・所轄署・協定当事者・協定成立年月日などを入力。全角／半角と文字数の指定に合わせる。 6. 届出カレンダー一覧表を作る（本社または代表事業場のカレンダーが複数種類ある場合）。様式は任意。 7. 提出先に本社（または代表事業場）の管轄署を選んで送信する。 リーフレットのステップ6では、提出先を選んで内容を確認し、問題がなければ提出する流れになっています。
e-Govの操作そのものの流れは、厚生労働省の電子申請パンフレットに手続きごとの解説が載っています。
古い解説が混ざっているのは、通達が入れ替わったから
この手続きを検索すると、書いてあることが記事によって微妙に違います。理由は単純で、通達が差し替わっているからです。
令和7年3月28日付け基発0328第7号には、「本通達は令和7年3月31日から適用し、令和5年2月24日付け基発0224第8号『一年単位の変形労働時間制に関する協定の本社一括届出について』は、本通達をもって廃止する」と書かれています。つまり、令和5年の通達をもとにした解説は、ポータルサイト経由のルート（代表事業場の話）を含んでいません。
なお、通達の日付と運用開始日はずれています。古い通達は令和5年2月24日付けですが、厚生労働省のリーフレットは「令和５年２月27日から」本社一括届出が可能になったと案内しています。日付を引用するときは、通達の発出日なのか受付開始日なのかを分けて書いたほうが安全です。
揃えるために、実態を曲げない
ここまで「揃っていれば一括できる」という話をしてきましたが、順番を逆にしてはいけません。一括で出したいからカレンダーを本社に合わせる、というやり方をすると、現場の実態と協定が食い違います。
1年単位の変形労働時間制には、則12条の4に限度が置かれています。対象期間が3か月を超える場合の労働日数の限度は1年当たり280日。1日の労働時間の限度は10時間、1週間の限度は52時間。対象期間が3か月を超えるときは、労働時間が48時間を超える週が連続する場合の週数は3以下、対象期間を初日から3か月ごとに区分した各期間で48時間を超える週の初日の数は3以下。連続して労働させる日数の限度は6日で、特定期間については「一週間に一日の休日が確保できる日数」とされています。
拠点によって繁忙期が違う会社が、届出の都合でカレンダーを1本に寄せると、どこかの拠点でこの限度に当たります。そうなると、一括できるかどうかより前に、協定そのものが成り立ちません。カレンダーが違うなら、違うものとして出す（ポータル経由で束を分ける、または従来どおり事業場ごとに出す）のが筋です。一括届出は作業を軽くするための仕組みで、働き方を決める仕組みではありません。
やりがちなNGと、直す順番
- 紙で束ねて本社の署に持っていく。 1年単位の変形労働時間制に一括の紙ルートはありません。36協定・就業規則との混同がいちばん多い。 - 36協定で使ったツールを流用する。 「変形制等協定届」用のツールを落とし直す。 - 去年のExcelをそのまま開く。 令和8年9月5日以降、古いツールは利用できないとの案内が出ています。 - 本社に合わせてカレンダーを増やす。 支店が本社より少ないのは問題ありません。増やす必要はない。 - 本社と違うから諦める。 ポータル経由なら、代表事業場を立てて束ねる道があります。 - 協定自体を本社で1本にしてしまう。 まとまるのは出し先だけ。協定は事業場ごとに結びます。 - 今年だけ揃えて満足する。 (ス)「旧協定の内容」も同一であることが条件です。
直す順番は、①紙か電子か → ②カレンダーの突き合わせ → ③束の分け方（本社ルートか代表事業場か） → ④13項目 → ⑤ツールと入力形式、です。前のほうでつまずいていると、後ろをどれだけ丁寧にやっても出せません。
自分の社内の体制は、どこでつまずくか
ここまでの話は、拠点ごとの働き方がどれだけ揃っているか・揃っていないかの棚卸しでもあります。カレンダーが拠点ごとにばらばらになっている会社は、たいてい募集している職種の勤務条件もばらばらで、求人票に書いてある「年間休日」や「シフト」が実態と合っていないことがあります。
協定と求人票は別の書類ですが、どちらも同じ年間カレンダーから作られます。片方を直すときに、もう片方を一緒に見ておくと手戻りが減ります。
よくある質問（FAQ）
Q. 紙で本社一括届出はできませんか。 A. 1年単位の変形労働時間制に関する協定届については、通達の本文が「電子申請により届出が行われた場合に限る」としているため、紙では一括できません。36協定届と就業規則（変更）届は紙でも一括できる条件が別の通達で定められているので、手続きごとに扱いが違います。
Q. 支店のカレンダーが本社より少ないのですが、一括できますか。 A. 厚生労働省のリーフレットは「カレンダーの数まで本社と支社で同一でなければいけない訳ではありません」としています。支店が使っているカレンダーが本社で使っているものと同じであれば、数が少なくても要件を満たします。逆に、本社で使っていないカレンダーが1種類でも混じっていると要件を外れます。
Q. 本社と支店で協定の内容が違います。まとめて出す方法はありますか。 A. 労働条件ポータルサイト「確かめよう労働条件」の電子申請様式作成支援ツールを使う場合は、協定の内容が本社とは異なる事業場についても、内容が同一である複数の事業場の中から任意に選んだ代表事業場でまとめて届け出ることができるとされています（令和7年3月28日付け基発0328第7号 記2(2)①）。この場合、送信先は代表事業場の所轄署になります。
Q. 届出カレンダー一覧表には決まった様式がありますか。 A. 通達の別添では「様式は任意」とされています。本社（または代表事業場）のカレンダーの種類を横に、事業場を縦に並べて、どれに対応しているかが分かる形であればよいとされています。本社のカレンダーが1種類だけの場合は、この一覧表は不要です。
Q. 去年ダウンロードした一括届出事業場一覧作成ツールを使ってもいいですか。 A. 厚生労働省のページには、ツールの電子証明書を更新したため令和8年9月5日以降は過去に公開されていたツールが利用できなくなる旨の案内が出ています。作業を始める前に最新のものをダウンロードし直してください。なお、過去に作成したCSVファイルは従来どおり読み込めるとされています。また、1年単位の変形労働時間制では「変形制等協定届（本社一括届出）」用のツールを使い、36協定・就業規則共通のツールとは区別する必要があります。
この記事は、中小企業の採用運用を支援する SaishiLu（運営：株式会社プラスメイト）が作成しています。制度の内容は記事作成時点の情報をもとに整理したもので、実際の届出にあたっては所轄の労働基準監督署または都道府県労働局にご確認ください。