支店や営業所が3つ、4つと増えてくると、毎年の36協定の届出がそれなりの作業になります。拠点ごとに協定を結び、拠点ごとに別の労働基準監督署へ出す。郵送先を調べて、部数を数えて、控えを管理する。社員数十名の会社でも、担当者が1人で抱えていると丸一日仕事です。
そこで出てくるのが「本社でまとめて出せる」という話です。ただ、調べてみると出てくる説明はだいたい「協定の内容が同一であれば一括で届け出られます」で止まっています。それだけ読んで「じゃあうちは無理だな」と判断してしまう会社と、「同一にすればいいんだな」と中身を揃えに走ってしまう会社が、どちらもあります。
どちらも、もったいない判断です。 本社一括届出で言う「同一」は、感覚ではなく項目名で決まっています。しかも、紙で出すのか、e-Govで出すのか、労働条件ポータルから出すのかで、同一でなくてよい項目の数が変わります。この記事では、令和7年3月28日付けの通達の原文に沿って「同一」の線を項目単位で引き、どのルートなら自社が使えるのかを切り分けます。あわせて、通達が最後に書いている「揃えるために実態を曲げるな」という一文も見ます。ここを読み落とすと、手続きを楽にしたつもりで中身を危なくすることがあります。
まず、本社一括届出は「出し先」をまとめる制度
前提をはっきりさせておきます。36協定は、労働基準法36条1項と、労働基準法施行規則16条1項・2項、70条1項により、事業場ごとに締結した協定を、その事業場の所轄労働基準監督署長に届け出るのが原則です。拠点が5つあれば、協定は5本、届出先も5署になります。
本社一括届出は、この届出先の部分についての取扱いです。根拠は通達で、現行は令和7年3月28日付け基発0328第8号「時間外労働・休日労働に関する協定の本社一括届出について」。令和7年3月31日から適用され、それまでの平成15年2月15日付け基発第0215002号は、この通達で廃止されています。古い記事や社内マニュアルが旧通達の番号を引いている場合は、そこで条件が差し替わっていると考えてください。
通達の書き方はこうです。本社機能を有する事業場の使用者から一括して届出が行われた場合には、施行規則16条等の適用に当たって「各事業場の所轄署長に届出がなされたものとして取り扱って差し支えない」。つまり、本社の署に出した1回を、各署への届出とみなすという構成です。
ここから読めることが2つあります。ひとつは、まとめられるのは届出先だけで、協定そのものは事業場ごとに結ぶという部分は何も変わらないこと。拠点ごとに過半数代表者を選び、拠点ごとに協定を結ぶ作業は残ります。もうひとつは、届出が済んだあとの周知（労働基準法106条）も事業場ごとだということ。本社の壁に貼って全社分を済ませた扱いにはなりません。
「本社一括届出」という名前から、1本の協定で全社をカバーできる制度だと受け取ってしまう人がいますが、そうではありません。協定は拠点の数だけ、出す先が1か所になる。この理解が土台になります。
条件は、出し方によって3通りある
ここが本題です。通達は届出のルートを3つに分けて、それぞれ条件を書いています。
① 紙またはCD-ROM等で出す場合：外せるのは6項目だけ
通達の1は、書面または電磁的記録媒体による届出です。条件は「本社の協定と協定の内容が同一であり、かつ、同一の則様式であること」。
そして「協定の内容が同一」の意味を、通達は項目名で定義しています。協定届の記載項目のうち、次の6項目以外が全て同一であることをいう、という書き方です。
・労働保険番号
・事業の種類
・事業の名称
・事業の所在地（電話番号）
・労働者数（満18歳以上の者）
・協定の成立年月日
逆に言えば、この6つ以外は全部同じでなければならない。通達はそのうえで、わざわざ念を押しています。「協定の当事者である労働組合（事業場の労働者の過半数で組織する労働組合）の名称又は労働者の過半数を代表する者の職名及び氏名」および「使用者の職名及び氏名」も全ての協定について同一である必要があること。さらに、昭和24年2月9日付け基収第4234号に基づき、協定の締結主体である労働組合が、一括届出を行う全ての事業場において労働者の過半数で組織されている必要があることに留意すること、と。
ここから、中小企業にとって一番大事な結論が出ます。過半数代表者を拠点ごとに選んでいる会社は、紙では一括届出ができません。 代表者の職名・氏名は除外6項目に入っていないので、全拠点で同一でなければならず、しかし代表者は事業場ごとに選ぶものなので、同一にはなりません。全拠点で過半数を組織する労働組合がある会社だけが、紙のルートに乗れる、という建て方です。
労働組合のない中小企業で「本社一括届出を検討したが条件を満たさなかった」という話の多くは、おそらくここで止まっています。ただ、止まる必要はありません。次の②があります。
② e-Govから電子申請する場合：外せる項目が8つに増える
通達の2は、e-Govからの電子申請です。条件の形は①と同じ（本社の協定と内容が同一・同一の則様式）ですが、「同一」の定義が変わります。除外項目が、①の6つに加えて次の2つを含む8項目になります。
・協定の当事者である労働組合（事業場の労働者の過半数で組織する労働組合）の名称又は労働者の過半数を代表する者の職名及び氏名
・協定の当事者（労働者の過半数を代表する者の場合）の選出方法
増えた2項目が、ほぼそのまま「紙とe-Govの違い」です。 代表者の氏名が拠点ごとに違っていてよい。選出方法の欄が拠点ごとに違っていてよい（本社は投票、支店は挙手、といった違いが許される）。厚生労働省のリーフレットも、36協定の欄に「電子申請の場合に限り、協定の労働者代表が事業場ごとに異なっていても本社一括届出を可能としています」と注記しています（労働基準法等の規定に基づく届出等の電子申請について）。
つまり、労働組合がない会社が本社一括届出を使うなら、電子申請が入口です。ここを知らずに「うちは組合がないから対象外」と判断しているなら、見直す価値があります。
そのうえで、見落としやすい裏側があります。除外8項目に入っていない項目は、全拠点で同じでなければならないということです。具体的には、業務の種類、労働者数の前提になる時間数の設定、1日・1か月・1年の延長時間、限度時間を超えて労働させる場合の割増賃金率、協定の有効期間、特別条項の回数や手続、そして様式の下にある確認のチェックボックス。チェックボックスは除外の列挙に入っていないので、全拠点で同じ状態＝どの拠点でもチェックが付いている状態でなければ揃わない、という読み方になります。
手続き面では、「事業の名称」「事業の所在地（電話番号）」など同一であることを要しない項目を記載した電子ファイル（一括届出事業場一覧）を添付して、本社の所轄署長に届け出ること、と通達が指定しています。この一覧はCSVで、厚生労働省が配っている「一括届出事業場一覧作成ツール」で作ります。リーフレットには実務上の注意も書かれていて、36協定の「業務の種類」は申請様式と一覧の両方に記載する必要があるとされています。片方だけ書いて返されるのは、ありがちなつまずきです。
③ 労働条件ポータル「確かめよう労働条件」から出す場合：本社と違っても組める
通達の3が、令和7年3月31日からの新しいルートです。労働条件ポータルサイト「確かめよう 労働条件」の電子申請様式作成支援ツールを使う場合、次の事業場を組み合わせて一括届出ができる、と書かれています。
（1）本社及び協定の内容が本社と同一である事業場
（2）協定の内容が本社とは異なる事業場
①協定の内容が同一である複数の事業場の場合…当該複数の事業場の中から任意に選択した代表事業場の所轄署あてに送信
②単独の事業場の場合…当該事業場の所轄署あてに送信
①②のいずれかのみの届出を行うこともできる、とも書かれています。ここが①②のルートとの決定的な差です。本社と内容が違う拠点を、本社から切り離して、似ている拠点同士でまとめられる。 しかもその束の届出先は、本社ではなく、束の中から任意に選んだ代表事業場の所轄署になります。
拠点によって繁忙期がまったく違う会社――本社は事務だけ、工場は季節で動く、店舗は土日が山――にとって、これはかなり現実的な選択肢です。無理に全社を1つの内容に揃えなくても、「工場2つ」「店舗4つ」という単位でまとめられます。なお「協定の内容が同一である」の意味は、②のe-Gov電子申請と同じ定義（除外8項目）だと通達が明示しています。
このツールの利用には、GビズIDまたは労働条件ポータルのアカウントが必要です。事業場の情報はCSVで一括登録でき、一括届出事業場一覧はツールが自動で作成・添付し、届出先の署も自動で選ばれます（電子申請様式作成支援ツールの操作手順）。
ルートの選び方は、この順で決まる
3つのルートを、判断の順番に並べ直します。
第1問：全拠点で過半数を組織する労働組合があるか。 あるなら紙でも一括できます。ないなら紙の一括は選択肢から落ちます。
第2問：全拠点で協定の中身（延長時間・業務の種類・有効期間・割増賃金率・特別条項）を同じにできるか。 できるなら、e-Govからの一括届出で足ります。代表者が拠点ごとに違っていても構いません。
第3問：中身が拠点によって違うか。 違うなら、労働条件ポータルのツールを使い、同じ内容の拠点同士をまとめます。本社と違う拠点だけを別の束にしてもよく、1拠点だけ単独で出すこともできます。
この順で考えると、「うちは条件を満たさない」で終わる会社はかなり少なくなります。満たさないのは紙のルートだけ、という場合が多いからです。
「同一」でつまずく2つのパターン（記入例）
言葉だけだと分かりにくいので、よくある2例を書き換えてみます。いずれも架空の設定で、時間数は記入例です。
例1：支店のほうが繁忙で、延長時間を揃えられない
Before（やりがちな処理）
本社：1か月の延長時間 30時間／1年 250時間
A支店：本当は45時間必要だが、一括届出の条件に合わせて本社と同じ30時間で届出
B支店：実態は20時間程度だが、揃えるため30時間で届出
一括届出のために中身を揃えた、という処理です。手続きとしては通ってしまいます。しかしこれは、通達が名指しで「望ましくない」としている形です（後述）。そしてA支店では、45時間働いた月に協定違反が起きます。
After（ルートを変えて実態を残す）
本社：1か月30時間／1年250時間
A支店：1か月45時間／1年360時間（特別条項あり）
B支店：1か月30時間／1年250時間（本社と同一）
届出：本社とB支店を1つの束として本社の所轄署へ。A支店は単独で、ポータルのツールから出す。
揃えたのは「揃える意味のある拠点」だけ。A支店は実態どおりの協定にして、届出の手間だけを同じツールで片づけます。
例2：本社と支店で様式が違う
Before
本社：特別条項付き（様式第9号の2）
全支店：一般条項のみ（様式第9号）
→ 1回でまとめて出そうとして、受け付けられない
通達の条件は「協定の内容が同一であり、かつ、同一の則様式であること」です。様式が違えば、中身の議論に入る前に一括の対象外になります。
After
特別条項付きの拠点（本社・A支店）＝様式第9号の2で1束
一般条項のみの拠点（B〜D支店）＝様式第9号で1束
→ 様式ごとに束を分けて出す
「同一」は中身だけの話ではなく、使う用紙の種類まで含む、ということです。
揃えるために実態を曲げない――通達が最後に書いていること
この手続きで一番大事なのは、条件の話ではなく、通達の「4 留意事項について」かもしれません。原文はこうです。
協定の締結に当たっては、各事業場の実態に即して労働時間を延長して労働させることができる時間数又は労働させることができる法定休日の日数等（以下「延長時間等」という。）を設定する必要があることから、単に各協定の内容を同一とすることを目的として、各事業場における実態によらずして延長時間等を定めることは望ましくないものであること。
行政が自分で作った手続きについて、「この手続きを使うために中身を揃えるな」と書き添えている、という構図です。本社一括届出は届出先をまとめるだけの制度であって、協定の中身を決める基準ではないということが、ここではっきりしています。
実務の順番にすると、こうなります。まず各拠点の実態で延長時間等を決める。そのうえで、たまたま同じになった拠点をまとめて出す。 逆の順番――「まとめて出したいから中身を同じにする」――をやると、現場に合わない協定を結ぶことになり、繁忙拠点では協定の上限を超える月が出ます。手続きを1日分楽にして、労働時間の管理を1年分危なくする取引になりかねません。
そして、ルート③が増えたことで、この取引をする理由はほぼなくなりました。内容が違う拠点は、違うまま束を分けて出せるからです。
36協定だけの制度ではない（紙で一括できるのは2つだけ）
同じ日付で、他の手続きの通達も出ています。会社として一度に整理するなら、ここまで見ておくと二度手間になりません。
就業規則（変更）届は令和7年3月28日付け基発0328第9号。紙のルートがあり、条件は4つ――本社の就業規則と内容が同一であること、事業場数に対応した必要部数の就業規則と事業場ごとに作成した意見書の正本を提出すること、各事業場の名称・所在地・所轄署長名を記載した一覧表を添付して本社の所轄署長に届け出ること、89条各号の事項が同一である旨を附記すること。変更届の場合は、変更前の内容も同一である旨を附記します。就業規則は内容が同じでも、意見書は拠点ごとに別に要るという点が36協定と違うところです。
1年単位の変形労働時間制に関する協定届は令和7年3月28日付け基発0328第7号。こちらは通達の本文に「電子申請により届出が行われた場合に限る」と書かれていて、紙の一括ルートがありません。条件も細かく、同一でなければならない項目が13個列挙されているうえ、年間カレンダーの内容まで同一であることが求められます（本社のカレンダーが複数種類ある場合は、どの拠点がどのカレンダーと同じかを判別できる「届出カレンダー一覧表」を添付）。
厚生労働省のリーフレットでは、本社一括届出ができる手続きが一覧になっていて、手続きごとに「電子申請の場合のみ本社一括届出可能です。」という注記が付いています。注記が付いていないのは36協定届と就業規則（変更）届で、紙でも一括できるのはこの2つだけ、残り（1年単位・1か月単位・1週間単位の変形労働時間制、事業場外労働、専門業務型裁量労働制、企画業務型裁量労働制の決議届と報告）は電子申請が前提です。
出す前の段取り（この順番で）
1. 事業場を数える。 労働保険番号の単位で、届出が必要な拠点を書き出す。 2. 様式を確認する。 特別条項付きか一般条項のみかで束が分かれる。 3. 当事者の方式を確認する。 全拠点で過半数を組織する組合があるか、拠点ごとの過半数代表者か。ここで紙／電子が決まる。 4. 中身を実態で決める。 延長時間等は拠点ごとに。揃えるのは後の工程。 5. 同じ内容の拠点をまとめる。 本社と同じ束、支店同士の束、単独の拠点に仕分ける。 6. 一覧を用意して出す。 e-Govなら一括届出事業場一覧作成ツールのCSV、ポータル経由ならツールが自動で作成。 7. 出したあと、拠点ごとに周知する。 届出と周知は別の義務（労働基準法106条）。掲示・備え付け・書面の交付・常時確認できる機器の設置のいずれかで、各作業場に行き渡らせる。
7番が抜けている会社は少なくありません。届出の控えが本社のファイルにあるだけでは、周知したことになりません。
人手の足りなさが、延長時間の設定に出てくる
ここまで手続きの話をしてきましたが、実務で延長時間をどう設定するかの背景には、だいたい同じ事情があります。人が足りないから、1人あたりの時間外が増える。増えた時間に合わせて協定の枠を広げる。枠を広げたぶん、現場の負荷はさらに固定される。
協定の枠を広げる前に、募集のほうで打てる手が残っていないかを見る価値はあります。応募が来ないのは給与の額ではなく、仕事内容の書き方や応募の導線で止まっている、というのはよくある話です。
よくある質問（FAQ）
Q. 本社一括届出をすれば、36協定は1本で済みますか？ A. 済みません。まとめられるのは届出先だけです。通達は「各事業場の所轄署長に届出がなされたものとして取り扱って差し支えない」という書き方で、協定そのものは事業場ごとに締結する前提が変わりません。過半数代表者の選出も、拠点ごとに必要です。
Q. 労働組合がありません。本社一括届出は使えませんか？ A. 紙のルートは使えませんが、電子申請なら使えます。e-Govからの届出では、除外項目に「過半数代表者の職名及び氏名」と「選出方法」が入っているため、代表者が拠点ごとに違っていても一括届出ができます。厚生労働省のリーフレットにも、電子申請の場合に限り労働者代表が事業場ごとに異なっていてもよい旨の注記があります。
Q. 本社と支店で残業時間の設定が違います。一括届出はあきらめるしかないですか？ A. 令和7年3月31日からは、労働条件ポータル「確かめよう 労働条件」の電子申請様式作成支援ツールを使えば、本社と内容が異なる拠点も、内容が同じ拠点同士でまとめて出せます。その束の届出先は、束の中から任意に選んだ代表事業場の所轄署です。1拠点だけ単独で出すこともできます。
Q. 一括届出のために、全拠点の延長時間を本社に合わせてよいですか？ A. 通達が望ましくないとしています。「単に各協定の内容を同一とすることを目的として、各事業場における実態によらずして延長時間等を定めることは望ましくない」という留意事項が置かれています。実態より短く揃えれば繁忙拠点で協定違反が起きやすくなり、長く揃えれば必要のない枠を作ることになります。実態で決めてから、同じになった拠点をまとめてください。
Q. 届出が終われば、36協定の手続きは完了ですか？ A. 周知が残っています。労働基準法106条により、協定は各作業場の労働者に周知する義務があります。方法は、見やすい場所への掲示または備え付け、書面の交付、各作業場に常時確認できる機器を設置して電磁的記録を記録することのいずれかです。本社でまとめて届け出た場合も、周知は拠点ごとに行う必要があります。
この記事は、中小企業の採用運用を支援する SaishiLu（運営：株式会社プラスメイト）が作成しています。本文の通達・リーフレットの記載は、厚生労働省が公表している原文（令和7年3月28日付け基発0328第7号・第8号・第9号ほか）によります。時間数・拠点の構成は記入例で、実在の企業の数値ではありません。個別の事業場の判断は、所轄の労働基準監督署または顧問の社会保険労務士にご確認ください。